В современном русском языке числительное девяносто считается простым (то есть содержащим только один корень). В его составе выделяются корень девяност- и окончание -о.

В указанных местах необходимы запятые по правилу обособления несогласованных определений, относящихся к именам собственным и личным местоимениям (см. пункты 1 и 3 параграфа 18.1 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя). Обратите внимание, что в первом предложении пояснительный оборот нужно отделить с помощью тире, а не двоеточия, а в составе количественного числительного склоняются все части, включая сто: И вообще, мы с Денисом весим одинаково — девяносто килограммов. Только, с его почти двухметровым ростом, Деня кажется дрыщом, а я, со своими ста шестьюдесятью сантиметрами, выгляжу форменным колобком.

Все приведенные Вами слова пишутся раздельно.

Правила таковы:

Пишутся слитно порядковые числительные со второй частью -дцатый, -надцатый, -десятый, -сотый, -тысячный, -миллионный и т. д., напр.: тридцатый, двенадцатый, шестидесятый, четырёхсотый, пятнадцатитысячный, шестисотмиллионный.

Пишутся раздельно составные порядковые обозначения, в которые могут входить, кроме количественных числительных, существительные тысяча, миллион и т. д., а последней частью в них является порядковое числительное, напр.: двадцать пятый, триста пятьдесят восьмой, тысяча девятьсот девяносто четвёртый, две тысячи первый, миллион двести тысяч сто пятый и т. д.

В соответствии с нормами склонения числительных сорок, девяносто, сто, о которых сообщают словари и грамматики русского языка: нет девяноста учеников.

Можно запомнить, что девяносто – это «девять (десятков) до ста», где д в до со временем превратилось в н.

Корректны второй и третий варианты, предпочтителен второй.

Верно: ...в размере девяноста одного миллиона рублей РФ.

Верно: На девяносто девяти целых восьми десятых процента территории.

Это наречия или предлоги (детально - в соответствующих словарных статьях).

Верно: погибло 6434 человека; девяносточетырехлетнего возраста.