Оборот с союзом как в данном случае имеет дополнительное значение причины, а потому обособляется: Государь, как Верховный главнокомандующий, регулярно выезжает в Ставку.
Правильно раздельное написание: государь император и Государь Император (офиц. титулование, при воспроизведении дореволюционных текстов).
Обращение отделяется от союза запятой: Но, милостивый государь...
Современной орфографической норме соответствует написание этого титула строчными буквами.