Словарной рекомендации по поводу родовой принадлежности этого слова пока что нет. Можно использовать судоку как существительное женского рода (по родовому слову - игра или головоломка) или как слово среднего рода (так как несклоняемые имена существительные иноязычного происхождения, обозначающие неодушевленный предмет, в своем большинстве относятся к среднему роду).
В словарях это слово не зафиксировано. Несклоняемые имена существительные иноязычного происхождения, обозначающие неодушевленный предмет, в своем большинстве относятся к среднему роду. Однако, на наш взгляд, не будет ошибкой и употребление слова судоку как существительного женского рода в соответствии с родом слова, обозначающего родовое понятие (игра, головоломка).
Увы, такие написания нельзя объяснить ничем, кроме незнания норм правописания. Очевидно, пишущие не понимают, что с грамматической точки зрения цифра в данном случае является приложением.