Если это часть предложения, то следует писать две частицы ни.
См. в учебнике С. Г. Бархударова «Правила русской орфографии и пунктуации».
Правильно: Нет ни одной школы, где бы он не побывал.
Отрицательная частица употреблена верно, а вот согласование хромает; должно быть: в чем бы ОНО... ни заключалось.
Да, следует писать с частицей ни.
Верно: нет ни одной церкви, где бы не было его иконы.