Корректно: в ед. ч. Р. Гамалеи, Д./П. Гамалее, В. Гамалею, Т. Гамалеей; во мн. ч. И. Гамалеи, Р. Гамалей, Д. Гамалеям, В. Гамалей, Т. Гамалеями, П. о Гамалеях.
Правильно склонять (как в первом варианте). Подробнее см. в «Письмовнике».
Правильно без запятой.
Мужская фамилия Атанесян склоняется, женская – нет. Правильно: тетрадь Атанесяна Николая (но: тетрадь Атанесян Марии).
Верно: монастырь Святого Николая.
Правильно: в школе № 1 г. Беслана, о награждении Груздя Николая. Подробнее см. в «Письмовнике» и http://spravka.gramota.ru/surnames.html [работу Н. А. Еськовой].
Запятую принято ставить.