Нет, в современном русском языке эти слова уже не являются однокоренными (хотя исторически воплотить, конечно, восходит к плоть).
Слово плоть не употребляется в форме мн. ч.
Верно написание с одной буквой Н.
Сочетание крайний срок корректно и зафиксировано словарями русского языка. У прилагательного крайний есть оттенок значения 'предельный'. Утверждение, что крайними могут быть только Север и плоть, слишком категорично :)