Слова в некоторых случаях не обособляются. Рекомендуем отделить запятой оборот в зависимости от условий произрастания, чтобы исключить разночтений: В зависимости от условий произрастания, в некоторых случаях та или иная фаза может не наступить.

Не вполне корректно сформулирован вопрос. Не бывает «чего-то одушевленного» и «чего-то неодушевленного». Эта грамматическая категория принадлежит именам существительным, а не предметам или живым существам, которые ими обозначаются. Категория одушевленности имеет косвенную связь с понятиями живого/неживого, но это связь именно косвенная, не прямая, — уже хотя бы потому, что сложилась эта категория в глубокой древности, когда представления наших далеких предков о живом/неживом были в значительной степени отличными от представлений современного человека. В некоторых случаях одушевленность имени существительного вызывает у современного человека удивление (ср. классический пример: кукла). В некоторых случаях слова-синонимы противоположным образом относятся к одушевленности (снова классические примеры: покойник и труп). Примеры можно продолжать, тем более что в современном языке некоторые существительные колеблются по отношению к одушевленности/неодушевленности (ср. микроб).

Имя человека в любом случае представляет собой существительное одушевленное — независимо от того, именуют им реального человека, или выдуманного героя романа, или сам роман, или оперу. То, что оно служит названием оперы, не может превратить его в неодушевленное существительное.

1. Написание зависит от типа подразделения. Например, в названиях институтов, входящих в состав университета, первое слово пишут с прописной, а название кафедр, отделов – со строчной. 

2. Положение инициалов по отношению к фамилии в некоторых случаях регламентируется. Например, в соответствии с ГОСТ Р 6.30–2003 «Унифицированные системы документации. Унифицированная система организационно-распорядительной документации. Требования к оформлению документов» при адресовании документа должностному лицу его инициалы указывают перед фамилией; при адресовании документа физическому лицу указывают сначала фамилию, потом инициалы; в грифе утверждения документа инициалы ставятся перед фамилией. Новый стандарт (ГОСТ Р 7.0.97–2016 «Система стандартов по информации, библиотечному и издательскому делу. Организационно-распорядительная документация. Требования к оформлению документов»), который подготовлен взамен ГОСТ Р 6.30–2003 и будет введен в действие 01.07.2018, содержит в некоторых случаях иные рекомендации.

У многих слов, оканчивающихся на -ированный, наблюдается конкуренция вариантов с ударением на и и с ударением на о. Ударение на и, как правило, новый вариант, ударение на о — старый. В некоторых случаях правильным по-прежнему признается только ударение на о (гофриро́ванный), а в некоторых случаях оба варианта фиксируются словарями как нормативные (ненорми́рованный и ненормиро́ванный). 

В слове костюмированный пока тоже возможны оба варианта: старое ударение костюмиро́ванный сменяется новым ударением костюми́рованный. И словари эту динамику нормы и конкуренцию вариантов отражают. В разных изданиях отдается предпочтение разным вариантам — в том числе и в недавно представленных словарях государственного языка. Орфографический словарь русского языка как государственного фиксирует костюмиро́ванный, а орфоэпический словарь — костюми́рованный. Это не недостаток словарей, а свидетельство объективно происходящего в языке процесса. Ни один из вариантов сейчас нельзя считать ошибочным.