Правильно: прийти на кухню и в кухню, готовить на кухне и в кухне.
Также возможно: ехать на автобусе и в автобусе. Конструкции с предлогом на употребляются для подчеркивания способа передвижения, тогда как сочетания с предлогом в обращают внимание на пребывание внутри данного средства передвижения.
Корректно: Я еще в комнатах услыхал, что самовар, находящийся в кухне, гудит естественно гневно, а войдя в кухню, с ужасом увидел, что он весь посинел и трясется, точно хочет подпрыгнуть с пола.
Употребление предлога в в пространственном значении связано с представлением об ограниченном пространстве, при отсутствии этого значения употребляется предлог на. Ср.: машины стояли во дворе (окруженное забором или домами пространство) – дети играли на дворе (вне дома; ср.: на дворе сегодня холодно). Однако в некоторых случаях закрепляется один из синонимических предлогов: работать в фотостудии – работать на киностудии (на радио, на телевидении). Иногда сказывается исторически сложившаяся традиция; ср.: в деревне – на хуторе, в селе – первый на селе работник; в учреждении – на предприятии, в переулке – на улице; ср. также: в комбинате бытового обслуживания – на мясокомбинате.
Слова ванная, спальня, коридор связаны с представлением о закрытом, замкнутом пространстве, поэтому с этими существительными употребляется предлог в; слова чердак и балкон – с представлениями об открытом пространстве, поэтому с этими существительными употребляется предлог на. Что касается слова кухня, то оно обозначает место, где готовят, и оно может быть как в помещении, так и на открытом воздухе. Поэтому конструкции на кухне и в кухне синонимичны. Ср. В кухне злится повариха (А. С. Пушкин) и Нянька приходила на кухню ужинать (В. Г. Короленко).
2. Предлоги различаются: 1) оттенками значени: смотреть в небо (в одну точку) -- смотреть на небо (охватывать взглядом большую поверхность); 2) частотой употребления: работать в поле -- работать на поле (чаще употребляется второй вариант); при обозначении средств транспорта чаще употребляется предлог на: на машине, на трамвае; 3) профессиональным или устарелым одного из словосочетаний: в речном флоте -- служить на флоте (проф.), работать в театре -- работать на театре (устар., проф.); 4) закреплённостью в устойчивых оборотах: жить в селе -- первый на селе работник; 5) сочетаемостью с определёнными словами: в комбинате бытового обслуживания -- на мясокомбинате, в спортивных играх -- на Олимпийских играх, был в Крыму, на Украине, на Кавказе, на Дальнем Востоке_.
Таким образом, употребление предлогов и оттенки значени приходится запоминать в каждом отдельном случае.