Сочетания со словом как не являются приложениями. Приложения — это согласованные определения, выраженные именем существительным (нераспространенное приложение) или именем существительным с зависимыми словами (распространенное приложение). Обороты со словом как выполняют в предложении роль обстоятельства или являются частью сказуемого. Пунктуация в этом случае подчиняется правилам, о которых Вы пишете (оборот обособляется, если имеет значение причинности, и не обособляется при значении 'в качестве'), но речь идет не о приложениях.

Это корректный прием проверки. Слово наконец-то действительно не используется в качестве вводного, и в контекстах, в которых возможна замена наконец на наконец-то, слово наконец также не вводное.

Выражение по крайней мере употреблено в предложении в качестве вводного, обособление требуется: Коллеги, даже после его прочтения вам всё равно будет сложно работать при поступлении большого количества клиентов, но, по крайней мере, вы будете знать, какие проблемы вам предстоит решать в ближайшие часы.

Можем предположить, что авторы «Правил» использовали предлог на, поскольку правила регулируют поведение не только внутри транспортных средств (в этом случае нужно было использовать предлог в), но и на связанных с транспортом объектах: остановках, переходах и т. п.

Оба варианта корректны, однако они выражают разные оттенки смысла.

Словосочетания тавтологичны, но при этом сравнительно часто используются в профессиональной речи в качестве точных и удобных обозначений части тела и предмета, предназначенного для этой части тела. Обратимся к примерам: нагрузка на суставы и поясничный пояс; упражнения, разогревающие поясничный пояс и стопы; укрепить плечевой и поясничный пояс; носить поясничный пояс, зафиксировать с помощью ортопедического поясничного пояса, согревающий пояс для поясницы.

В предложении Думай как педагог сравнительный оборот понимается прежде всего как обстоятельство образа действия («Думай по-педагогически»), в этом случае он не обособляется.

Запятая не нужна. Для таких случаев есть отдельное правило: деепричастный оборот не обособляется, если деепричастие имеет в качестве зависимого слова союзное слово который в составе определительной придаточной части сложноподчиненного предложения (такое деепричастие от придаточной части запятой не отделяется).

Подлежащее — все они (сочетания местоимений типа всё это, все они и т. п. являются одним членом предложения), сказуемое — входят в семейство (тутовых). Это редкий случай использования глагола входить (в переносном и обедненном значении) в качестве полузнаменательной связки составного именного сказуемого. Основанием для такого решения является синонимичность этой фразы, например, такой: Все они являются тутовыми, где сказуемое являются тутовыми вполне обычное.

Тутовых можно счесть определением к семейству. Но можно считать семейство тутовых и синтаксически цельным словосочетанием, которое является одним — именным — компонентом сказуемого.

Если перед закрывающими кавычками стоит вопросительный или восклицательный знак, то после кавычек он не повторяется, например: Слышали ли вы вопрос «А предложение „Поэтому — две тысячи рублей“ — это эллиптическое предложение?»