В словарях зафиксировано только прилагательное курсовой (с ударным последним слогом). Значит, в обоих примерах форма будет одинаковая: курсовАя терапия, курсовАя работа.
Обстоятельство в ваннах относится только к первой части предложения, поскольку во второй части есть обстоятельство в них (то есть тоже в ваннах).
Запятая не нужна.