Слово союз здесь нужно писать строчными буквами.

Запятые нужны.

Вы совершенно правы, корректно так: секта Последнего дня, культ Восставших из ада, орден Пылающей розы, братство Стали, секта "Братья Иеговы", братство "Долг". 

В соответствии с современными нормами в официальных составных названиях учреждений, организаций, обществ с прописной буквы пишется первое слово и входящие в состав названия имена собственные, а также первое слово включаемых в них названий других учреждений и организаций.

Нужно писать с прописной буквы следующие названия, если они являются официальными: Объединенная группа подрядчиков по лесным заготовкам для Мурманской железной дороги «Мурмалес» (проверьте, нет ли опечатки в последнем слове этого названия), Товарищество педагогов г. Петрозаводска, Общество вспомоществования воспитанникам Петрозаводской мужской учительской семинарии,  Товарищество кемских лесопильных заводов.

Если это не официальные названия, то правильно: петрозаводский спортивный кружок, петрозаводский кафедральный собор.

Обратите внимание на то, что исторические написания названий могут не соответствовать современным нормам.

Корректное написание: орден Рыцарей Колумба.

Правильно: руководитель районного отделения «Боевого братства».