Произношение таких слов следует уточнять по словарям. Например, на нашем портале в рубрике "Проверка слова" сведения о мягком и твердом произношении согласного звука перед Е приводит словарь "Русское словесное ударение" М. В. Зарвы.
Правильно: товарно-материальный, материально-производственный.
Нужен один дефис: азотно-кремнистые термальные воды.