Запрета на такое употребление нет.
«Русский орфографический словарь» РАН фиксирует: Баба-яга (сказочный персонаж) и баба-яга (безобразная злая старуха).
Местные жители говорят только на Тургояке́. Так как, по их мнению, ударение в некоторых татаро-башкирских топонимах второго склонения, где оно в именительном падеже стоит на последнем слоге (Чебарку́ль, Кисега́ч, Тургоя́к, Караба́ш, Аргая́ш), при употреблении этих топонимов в косвенных падежах должно смещаться на окончание: под Чебаркулём, с Кисегача́, в Карабаше́, на Тургояке́, из Аргаяша́. Такого же мнения придерживается и "Словарь собственных имён".
Орфографический словарь устанавливает написание этого именования так: Ба́ба-яга́, Ба́бы-яги́ (сказочный персонаж) и ба́ба-яга́, ба́бы-яги́ (безобразная злая старуха).
Следует ориентироваться на рекомендацию орфографического словаря: Баба-яга.
