Если после прямой речи предложение продолжается, ставится тире, потому что прямая речь оканчивается вопросительным знаком: Он говорит: «Так нет никаких теорий! Жизнь не просчитаешь. Ты понимаешь?» — и ведь он бесконечно прав.

После придаточной части, расположенной перед главной частью сложноподчиненного предложения, нужно поставить либо запятую, либо тире: 1) Если ты не понимаешь, это не проблема; 2) Если ты не понимаешь — это не проблема.

Верно: Ты меня не слышишь, или не понимаешь, или просто игнорируешь.

Фраза Я правильно понимаю? имеет право на существование. Она применяется в ситуациях, когда говорящий хочет удостовериться в корректности своего понимания информации или ситуации. Первое значение глагола понять — «усвоить, сделать принадлежностью своего сознания смысл, сущность, значение и т. п. чего-л.», и в этом значении глагол может сочетаться с наречиями, указывающими на субъективность понимания: плохо, хорошо, правильно, неправильно, приблизительно, глубоко, поверхностно, по-своему и т. д. 

Корректно: То чувство, когда понимаешь, что следующая пара часов пройдет превосходно. Существительное пара в значении "небольшое количество чего-л., обычно не определённое точно" (Разговор занял всего пару минут. Чтобы ускорить дело, выделите ему пару помощников. Я бывал там пару раз – ничего особенного. За всю жизнь он прочёл пару книг, не больше. Лиза дома? – Уехала на пару дней в Питер) характеризуется как разговорное. 

Запятая перед союзным словом что нужна: что это — придаточное изъяснительное (зависит от глагола понимаешь).

Верно: Не понимаешь, что делать, пока ждёшь?

Предлагаем оформить так: Он сначала возмущался, вроде «Да что ты понимаешь!», а потом соглашался. Или так: Он сначала возмущался: «Да что ты понимаешь!», а потом соглашался. 

Из знаков препинания нужна только точка в конце.

Корректная пунктуация: Ты понимаешь, что читаешь по-настоящему хорошую книгу, когда каждые пару минут останавливаешься, просто чтобы сказать: "Вау!"