Правильно: и. о. директора.
Наименования ученых степеней и ученых званий выступают в общем ряду как однородные приложения. А должность и степень – неоднородные приложения. Поэтому первая запятая не нужна, вторая нужна: мы беседовали с заведующим такой-то кафедрой доктором математических наук, профессором Михаилом Ивановым.
Запятая после однако не требуется.
Если имеется в виду город в Республике Коми, то верно: Микунь, Микуни, Микуни, Микунь, Микунью, о Микуни.
Верные варианты: сильнее чувствовал боль; наиболее сильно чувствовал боль.
См. в "Письмовнике".
Сочетание предполагать (или предположить) формирование в данном случае не вполне корректно, лучше: ...позволяют предположить, что эти структуры формировались за счет...
Употребление зависит от контекста.
