Привести здесь все правила, определяющие порядок слов в предложении, невозможно. Предложение о детском саде построено неудачно, так как сочетание после капитального ремонта можно отнести к слову воспитанники. Проблема снимается, если это сочетание переставить: Детский сад «Ромашка» возобновляет работу после капитального ремонта и принимает воспитанников или После капитального ремонта детский сад «Ромашка» возобновляет работу и принимает воспитанников. Выбор зависит от контекста.

Да, верно: в Архангельском порту; в комиссии при порте.

Есть еще несколько случаев, когда после согласных пишется э. Это написание после приставок или составных частей сложных и сложносокращенных слов (предэкзаменационный, сэкономить; двухэтажный, Мосэнерго); написание во многих собственных именах иноязычного происхождения и производных от них словах (Бэкон, Дэвид, Сэлинджер; Мэриленд, Тайбэй, Улан-Удэ, Хуанхэ). Кроме того, э пишется в названиях букв (бэ, вэ, гэ и др.), в составе аббревиатур, пишущихся по названиям букв, и слов, образованных от буквенных аббревиатур, напр.: бэтээры, кавээнщик, гэпэушник, кагэбэшный, в звуковых аббревиатурах и образованных от них словах, напр.: ГЭС, ТЭЦ, ВТЭК, НЭП, втэковский, нэпман. 

Но в целом закономерность, о которой Вы говорите, существует. По нормам русской орфографии не в начале корня после букв, передающих твердый согласный, в словах иноязычного происхождения, как правило, пишется буква е (бизнес, бренд, коттедж, партер, стенд, инерция); буква э пишется только в немногих нарицательных существительных, таких как мэр, мэтр, пленэр, пэр, рэкет, рэп, сэр и некоторых других словах (преимущественно узкоспециальных), их круг определяется орфографическим словарем.

Корректно: SOS, Дед Мороз, или Все сбудется.

В текстах такого типа знаки препинания возможны, однако точка с запятой представляется слишком сильным знаком, поэтому предпочтительнее поставить запятые. 

Верен первый вариант.