Когда речь идет о названиях компаний, брендов и других именах собственных, оформленных латиницей, то их первое слово следует писать с прописной буквы. 

«Как слышится, так и пишется» – такой принцип построения орфографии называется фонетическим. На нем построены орфографические системы некоторых языков, например белорусского (но не во всех случаях) или грузинского.

В основу орфографии русского языка положен иной принцип – фонемный (его еще называют фонематическим и морфологическим). Суть его заключается в следующем: каждая морфема (корень, приставка, суффикс) пишется по возможности одинаково, несмотря на то что ее произношение в разных позиционных условиях может быть разным. Мы произносим [дуп], но пишем дуб, т. к. в этом слове тот же корень, что и в слове дубы; произносим [з]делать, но пишем сделать, т. к. в этом слове та же приставка, что и в слове спрыгнуть и т. п. Фонемному принципу отвечает 96 % написаний. И лишь 4 % – это разного рода исключения. В том числе – обусловленные действием фонетического принципа, например написание ы вместо и после приставок на твердый согласный: безыдейный (хотя идея), надындивидуальный (хотя индивидуальный). Вот здесь как раз и действует принцип «как слышится, так и пишется»: слышится ы – и пишется ы.

Корректно: Спасибо за Ваше присутствие на дне рождения нашей семьи.

Игорь, приведенный Вами пример можно оставить и без частицы НЕ, при этом неоднозначность не исчезнет: Ураган вызвал шторм. Так что такая версия вряд ли обоснованна. Напротив, старая норма предписывала использовать только родительный падеж при отрицании в подавляющем большинстве случаев.

Сама грамматическая проблема выбора падежа довольно сложная, имеет долгую историю. На эту тему существует множество научных исследований. Библиографию можно найти, например, в следующем издании: Граудина Л. К., Ицкович В. А., Катлинская Л. П. Словарь грамматических вариантов русского языка. М., 2008. С. 44-45.

А здесь - о современном употреблении: http://gramota.ru/spravka/letters/?rub=otr

В данном случае слова а именно стоят перед присоединительным членом предложения (а не предложением), двоякое прочтение невозможно, поэтому двоеточие или другие знаки препинания после а именно не требуются.

Предложение требует правки, например:

Неправильная запись должна быть аккуратно зачеркнута, а рядом должна быть внесена новая запись, заверенная ответственным лицом.

Нет, не более логичен. Выражение уважения – вовсе не главная функция прописной (большой) буквы в русском язые. У прописной буквы две основные функции, первая – выделение первого слова предложения, вторая (и в данном случае это очень важно) – выделение собственного имени / наименования, т. е. одного предмета из ряда однородных. Написание Вы при обращении к нескольким лицам, т. е. употребление прописной для обозначения нескольких предметов противоречит основному предназначению этой буквы, поэтому и не является нормативным.

Знаки препинания стоят верно.