У этих двух оборотов, вопреки любому мнению о возможных смысловых различиях, весьма продолжительная история речевого сосуществования.
Да, нужно закрыть пояснительный оборот с союзом в том числе.
Корректно: С раннего утра шёл дождь и дул холодный, пронизывающий насквозь ветер.
Грамматическая основа: Рябинкин велел. Глаголы велел и выполнять обозначают действия, совершаемые разными субъектами, поэтому выполнять не входит в сказуемое, а является дополнением.
Запятая после слова годом не нужна.
Знаки препинания расставлены правильно.
Нормативными словарями это слово по-прежнему не зафиксировано, однако орфографическим тенденциям соответствует дефисное написание де-люкс (ср. де-факто, де-юре).
Сочетание иркутский губернатор следует писать со строчной буквы. См. § 196 «Названия должностей, званий, титулов» в «Правилах русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.
Предлог нужно оставить: Работает в Москве, Санкт-Петербурге и с недавних пор в Калининграде.
Некоторые географические названия, употребляясь переносно и имея давнюю традицию такого употребления, пишутся со строчной: олимп ‘избранный круг, верхушка какого-н. общества’, содом ‘полный беспорядок, хаос’, ходынка ‘массовая давка людей в толпе’, камчатка ‘задние ряды в зале, в классе’. При этом сохраняют прописную букву в переносных значениях Мекка, Вандея, Клондайк, Черёмушки, Хиросима, Чернобыль и др.
Употребление в нарицательном смысле подобных имен в форме множественного числа не требует замены прописной буквы на строчную. Правильно: брать Берлины.