Приложение правда, относящееся к личному местоимению она, требует обособления; причастный оборот добытая с таким трудом относится к следующему затем сочетанию определения-прилагательного горькая и определяемого слова правда, а в таких случаях запятая перед прилагательным не ставится (см. параграф 38 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина): Вот она, добытая с таким трудом горькая правда! Поскольку приложение распространено и стоит в конце предллжения, возможен вариант с тире вместо запятой: Вот она — добытая с таким трудом горькая правда!
Предлог согласно всегда требует формы дательного падежа, исключений нет. Род слова который должен соответствовать роду соответствующего существительного: слово документация женского рода, поэтому верно: согласно которой.
Первое предложение следует перестроить или разделить на два. Дело в том, что местоимение который указывает на ближайшее к нему существительное того же рода и в том же числе. Здесь таким ближайшим существительным является слово уровень (а по логике фразы это должно быть слово руководство).
Во втором случае верно: Не предоставлена проектная документация, согласно которой...
Это наречное выражение не требует постановки знаков препинания.
Выводов отсюда проистекало как минимум два. Б. Акунин, Внеклассное чтение. Все зависит от условий хранения... Трое суток как минимум, если не четверо. В. Богомолов, Момент истины. Чтобы восстановить хозяйство, разрушенное войной, надо сначала его разрушить, а для этого нужна гражданская или хоть какая-нибудь война, нужно как минимум двенадцать фронтов… В. Ерофеев, Москва-Петушки.
Допускается пунктуационное выделение слов «как минимум» (как содержащих уточнение), если в устной речи они сопровождаются интонационной паузой.
В первом и третьем случае сравнительный оборот нужно обособить: кожа сравнивается с фарфором по гладкости, глаза человека, обозначенного местоимением он, сравниваются с глазами мамы по цвету: У нее гладкая кожа, как фарфор; У него голубые глаза, как у мамы. Во втором случае сравнительный оборот является несогласованным определением при существительном платье и не требует обособления: Я хочу платье как на фото. Сравним: Я хочу необычное платье, как на фото (здесь указан признак, по которому сравниваются платья, и запятая ставится).
Вы привели разные по сути примеры. В предложении Мы писали сочинение на тему «Как я провёл лето» слово тема обозначает и заголовок сочинения, поэтому формулировка темы заключается в кавычки (обратите внимание, что двоеточие здесь не нужно, «Как я провёл лето» — это приложение к существительному тема). В предложении Автор ставит проблему: какой опыт приобретает молодой человек, служа в армии? формулировка проблемы не требует заключения в кавычки, если это не дословная цитата из анализируемого текста.
На наш взгляд, каждый пункт лучше оформить как самостоятельное предложение.
Заголовок построен неудачно. В нем будет устанавливаться ошибочная связь слов: автобус (кого? чей?) школьника (ср. машина заведующего). К тому же при прямом порядке слов дополнение должно стоять после сказуемого. Обратный порядок слов в данном случае неоправдан.
По правилам наречие «препятствует» постановке тире. В справочнике под ред. В. В. Лопатина указывается, что не ставится тире, если между подлежащим и сказуемым-существительным стоит обстоятельство. Наречия в предложении часто являются именно обстоятельствами.
Чтобы ответить на Ваш второй вопрос нужно проводить исследование — нужно понять, какие именно обстоятельства и дополнения встречаются в предложениях данной структуры, в каких случаях тире оправданно, в каких нет. Это требует времени. Пока мы можем ориентироваться только на примеры из справочников: Мой отец для меня друг и наставник; Степан нам сосед.
В словарном толковании союза в том числе не указано, что его использование ограничивается исчисляемыми понятиями, сравним также примеры в «Справочнике по пунктуации». Другое дело, что это сочетание в текстах действительно употребляется гораздо шире, чем «дозволяют» словари и справочники. Довольно часто — согласны с Вами — сочетание в том числе (всегда ли оно выполняет функцию союза?) выглядит стилистически неудачным и требует замены на в числе прочего, включая, в частности и т. п. См. также ответы на вопросы 308092, 311098, 313488.
По правилам русского языка, слова в словосочетаниях и предложениях связаны друг с другом, причем в большинстве случаев за счет того, что они меняют свою форму (число, род, падеж и т. д.).
Верно: Ивановой Марине Петровне — исполняющей обязанности начальника (здесь речь идет о согласованном приложении исполняющей обязанности начальника, которое меняет форму в соответствии с формой главного слова).
Верно: и. о. начальника отдела (в этом словосочетании главное слово обязанности требует от зависимого слова начальник формы родительного падежа: исполняющий обязанности — кого? — начальника отдела).