В русской грамматике, как правило, эта часть называется главной частью сложноподчиненного предложения.

Здесь нет необходимости в использовании прописной буквы.

Совсем плох третий вариант с двумя знаками в конце предложения. В остальном - вопрос не орфографический, не лингвистический. Скорее, вопрос типографской эстетики. Как лучше, Вы знаете: немецкие "лапки", конечно, отличный вариант для верстки, но есть ли "руки", чтобы их последовательно проставлять?

Это вставная конструкция. Она может выделяться скобками или тире с обеих сторон, выбор за автором.

Вставные конструкции (слова, сочетания слов, предложения) выделяются скобками или тире. Они содержат дополнительные сведения, замечания, уточнения, пояснения, поправки к сказанному; разъясняют, толкуют основную часть высказывания. В тексте вставной конструкции сохраняются все необходимые для нее знаки (запятая, восклицательный и вопросительный знаки, многоточие, двоеточие). Например: Валерия — так звали девушку, от тоски по которой я сбежал из деревни в Москву, — слушала меня, мечтательно глядела перед собой.

Это предложение с однородными сказуемыми, поэтому запятая перед союзом и не нужна.

Слова "о том, что" избыточны. Я ворочался с боку на бок до тех пор, пока меня не осенила мысль: прежде чем рассветет, идти в монастырь к духовнику.

Ваши наблюдения абсолютно верны. Двоеточие в некоторых случаях может заменяться на тире. И это оговорено в правилах пунктуации. Например, вот примечание к правилу о бессоюзном сложном предложении.

В бессоюзном сложном предложении при обозначении пояснения, причины, обоснования, изъяснения допустимо употребление тире вместо двоеточия (особенно в художественной литературе и в публицистике). Вот, в частности, примеры из произведений К. Паустовского: Изредка в небе светилось голубоватое пятно — за тучками пробивалась луна, но тотчас гасла; Подснежники, наверное, уже прорастали в земле — их слабый травянистый запах просачивался сквозь снег; Слой облаков был очень тонок — сквозь него просвечивало солнце; На молу погасили огни — теплоход ушел; Татьяна Андреевна вздрагивала от сырости — после теплой каюты на палубе было свежо; Паханов крепко держал капитана за локоть — капитан был еще слаб после ранения; Ей хотелось заплакать — лом даже через варежки леденил руки; В армию меня тоже не берут — сердце заштопанное; Однажды зимой вышел я и слышу — стонет кто-то за оградой.  (Правила русской орфографии и пунктуации. Полный академический справочник / под ред. В. В. Лопатина. М., 2006. § 129.)

Обратите внимание: такая замена признается допустимой, не ошибочной, но все же в приведенных случаях предпочтительно ставить двоеточие. 

Вот примечание к правилу об однородных членах с обобщающим словом.

Допустимо используемое в современной практике печати при всех позициях обобщающих слов употребление тире, в том числе — перед перечислением (на месте традиционного двоеточия): Хороших байдарочников было всего трое — Игорь, Шуляев, Коля Корякин и, разумеется, сам Андрей Михайлович (Тендр.); Если бы его что-то выделяло среди других — талант, ум, красота... Но ничего такого у Дюка действительно не было (Ток.); Всё, всё услышал я — и трав вечерних пенье, и речь воды, и камня мертвый крик (Забол.); Я имел случай и счастье знать многих старших поэтов, живших в Москве, — Брюсова, Андрея Белого, Ходасевича, Вячеслава Иванова, Балтрушайтиса (Б. Паст.). (Правила русской орфографии и пунктуации. Полный академический справочник / под ред. В. В. Лопатина. М., 2006. § 36.)

Если искать лишнее слово по словообразовательным признакам, то можно дать несколько вариантов ответа.

1. Лишнее – грецкий, т. к. его можно считать непроизводным словом, в отличие от трех других. Исторически это преобразование слова греческий. Но прямой смысловой связи между словами грецкий и греческий, грек, Греция в языке уже нет. Сейчас грецким может быть только орех, но растет он не только в Греции. 

2. Лишнее – солнечный. Только при образовании этого прилагательного в основе появляется беглый гласный. 

3. Лишнее – задорный. Оно образовалось суффиксальным способом от слова задор (задорный – 'проникнутый задором, выражающий задор'). Но задор не является начальным словом в словообразовательной цепочке. Оно само образуется от глагола задрать бессуффиксным способом (тот же способ называют нулевой суффиксацией), а задрать – от драть приставочным способом. Такую цепочку выстраивает А. Н. Тихонов в «Словообразовательном словаре русского языка». Однако это объяснение не вполне соответствует сегодняшним смысловым связям между словами задор и задрать (см. значение этих слов в словаре).

О месте ударения в фамилии Глеза надо спрашивать носителя фамилии. Но можно предположить, что ударение падает на е: скорее всего, это фамилия еврейского или немецкого происхождения, восходящая к названию профессии – стекольщик (ср.: Глезер, Глейзер, Глезеров). Впрочем, даже если ударение перешло на последний слог, фамилия всё равно склоняется: несклоняемы только фамилии французского происхождения на ударный -а (а происхождение этой фамилии, как сказано выше, иное).

В документах, регламентирующих названия морских судов и внутреннего водного транспорта, мы не нашли запрета на использование запятых. Правда, там есть рекомендация не использовать в названии более двух слов.

С другой стороны, бегло просмотрев списки зарегистрированных в России судов, мы не увидели ни одного названия с запятой или точкой.

Но, поскольку байдарки не подлежат регистрации, Вы можете назвать лодку как угодно. С точки зрения языка запятая стоит абсолютно верно.