Корректно: не мог представить рукопись в срок (представить = предъявить, показать); не мог предоставить рукопись в срок (предоставить = передать, дать возможность распоряжаться).
Грамматически корректны оба варианта.
Верно с НЕ и вариант без предлога.
Корректно со строчной буквы.
Правила на этот счет не установлены, так что можно писать как прописными (XLS), так и строчными (xls) буквами. Что касается использования точки, то она обычно ставится перед расширением файла для обозначения его типа. Например, полный путь к файлу может выглядеть так: «C:\Users\User\Desktop\файл.xls». В этом случае точка после имени файла и перед расширением (xls) указывает на то, что это файл в формате Excel. Если же вы просто говорите о формате файла, то точку ставить не нужно.
Написание конкретных наименований органов власти субъектов Российской Федерации определяется уставными документами этих субъектов. Правило можно сформулировать так: пишем так, как указано в законодательстве.