Существительное подобъём ‘часть объема’ употребляется в специальной литературе и при необходимости может быть использовано в соответствии с задачами изложения и стилистическими характеристиками текста. Верное написание: подобъём.

После слов тем не менее можно поставить тире (как интонационный знак).

Обстоятельства, выраженные наречиями, не обособляются. Например: Сегодня хорошее утро. А вот вводные слова выделяются запятыми и в начале, и в середине, и в конце предложения. Правильно: Вернее, доброе утро.

Да, запятая между союзом и обращением ставится и в начале предложения: Но, Федя, ты же еще не завтракал; Но, Саша, это для тебя так важно.

Читайте словари внимательнее! Перед формой множественного числа ставится помета мн.

Названные Вами слова могут иметь формы множественного числа. Формального ограничения в данном случае нет, есть только смысловое ограничение: такие формы должны обозначать множества предметов и явлений действительности, например: разнообразные сервисы, гнойные инфекции (т. е. разные виды инфекции), сигнализации иностранных производителей и т. д.

Противоречия нет. Пример Ты что, заболел? подпадает под следующее правило Д. Э. Розенталя: запятой отделяются слова что, а что, что же, обозначающие вопросы, за которыми следует предложение, раскрывающее их конкретный смысл (после них делается пауза). Ср.: Ты что же, не идёшь с нами? («что делаешь?», пауза после что же). 

Варианты Ты, что, заболел?  и Ты, что? заболел? представляются тоже возможными. 

Теоретически Вы правы: пишущий вправе не вкладывать в определительный оборот дополнительное обстоятельственное значение. Например: Скошенная с утра, трава к полудню уже сухо шуршала под ногами (Трава к полудню уже сухо шуршала под ногами, поскольку уже с утра была скошена) — Скошенная с утра трава к полудню уже сухо шуршала под ногами (Какая-то трава к полудню уже сухо шуршала под ногами). Однако в приведенном Вами примере отсутствие причинного значения у оборота делает высказывание довольно нелепым. 

Согласование сказуемого со словами  «ряд, большинство, меньшинство, часть, множество»

Выбор правильной формы сказуемого осложняется тем, что опорное слово подлежащего (ряд, большинство, множество и т. п.), представляя собой существительное в форме единственного числа,  фактически означает множество предметов или явлений как совокупность. В этой связи появляются две возможности для согласования сказуемого:

• формально-грамматическое согласование: сказуемое принимает такую же грамматическую форму, как и подлежащее; большинство граждан проголосовало за нового президента («большинство» и «проголосовало» – единственное число, средний род); ряд пользователей отказался от платной услуги («ряд» и «отказался» – единственное число, мужской род);
• согласование по смыслу: сказуемое принимает форму множественного числа, поскольку подлежащее обозначает множество предметов или явлений: большинство граждан проголосовали за нового президента, ряд пользователей отказались от платной услуги.

В современном русском языке формально-грамматическое согласование сказуемого и согласование по смыслу конкурируют, и в большинстве случаев (но не всегда!) формы единственного и множественного числа сказуемого взаимозаменяемы. 

Формальное согласование рода и числа сказуемого требуется, если собирательное существительное не имеет при себе зависимых слов, а также если в составе подлежащего нет существительных в форме множественного числа: За принятие постановления проголосовало большинство, меньшинство было против; Подавляющее большинство парламента проголосовало против принятия закона; Часть населения безграмотна.

Согласование по смыслу предпочтительно:

1) если между подлежащим и сказуемым располагаются другие члены предложения: Множество замечаний по содержанию диссертации и оформлению библиографии были высказаны молодому аспиранту;

2) если при подлежащем имеется последующее определение в форме множественного числа, выраженное причастным оборотом или придаточным предложением со словом которые: Часть средств, вырученных от продажи книги, пойдут на содержание больниц; Часть средств, которые будут выручены от продажи книг, пойдут на содержание больниц;

3) если нужно подчеркнуть раздельность действий каждого действующего лица, называемого подлежащим, а также подчеркнуть активность действующих лиц: Ряд сотрудников нашей организации выступили с инициативой; ср.: В прошлом году было построено множество дорог.

4) если сказуемых – несколько: Ряд учеников не считают выполнение домашних заданий необходимым и приходят на урок неподготовленными.

5) если в составе сказуемого есть существительное или прилагательное в форме множественного числа: Большинство домов в этой деревне были деревянными.

Надеемся, что мы верно поняли Ваш вопрос о правилах употребления буквы э в современном русском письме. Едва ли есть какие-то особенности ее употребления применительно именно к заимствованиям из японского языка. История буквы э в русском алфавите весьма непроста. Написание е после твердых согласных, парных по твердости-мягкости, в заимствованиях типа тире, модель (вместо *тирэ, *модэль) и др. (то есть написание смягчающей буквы е в заимствованных словах после парных по твердости-мягкости согласных в тех случаях, когда они обозначают твердый согласный звук) само по себе является нарушением слогового принципа графики. Для читающего это нередко становится причиной орфоэпических трудностей: как произносить — О[д'э]сса или О[дэ]сса, эс[т'э]тика или эс[тэ]тика, б[р'э]нд или б[рэ]нд?

Еще в 1930-е годы академик Л. В. Щерба замечал, что «прямо преступно не пользоваться всеми возможными в русской графике средствами для указания правильного произношения». Однако при этом возникала бы иная проблема: что делать по мере обрусевания заимствованных слов, при котором твердые согласные перед э заменяются мягкими (ведь согласный перед орфографическим е остается твердым, как правило, лишь в таких заимствованных словах, которые еще не стали общеупотребительными или сохраняют принадлежность к научному или высокому стилю речи: наши бабушки говорили му[зэ]й, наши мамы — к[рэ]м, а теперь эти слова произносятся в соответствии с написанием), — снова корректировать написание таких слов, меняя при их обрусевании э на е? Это показалось невыгодным, и правилами 1956 года было утверждено написание буквы э после твердых согласных лишь в трех нарицательных существительных (мэр, пэр, сэр), а также в именах собственных. Таким образом, написание буквы е в подобных случаях учитывает изменение произношения слова в будущем и является более практичным. Однако с конца ХХ века написание новых заимствований с буквой э проникает в печать всё чаще и чаще, поскольку это зачастую единственный способ подсказать читателю произношение таких слов. Написание с э сохраняется до тех пор, пока слово еще недостаточно хорошо освоено языком и осознается как явно иноязычное.