Метафорический перенос — это способ появления нового значения у слова, а омонимы — это разные слова с несвязанными значениями. То есть исходное и метафорическое — это два значения одного многозначного слова, это не омонимы.
Кавычки уместны, если нужно обратить внимание адресата текста на слово нейронка или если нужно употребить это разговорное слово в нейтральном контексте.
Кавычки можно не ставить, если нет сомнений в том, что слово будет понятно читателю, и если стиль текста дает возможность употреблять разговорные слова.
Вопрос непонятен: существительное токарь мужского рода и глагол подумал мужского рода. В чем противоречие?
Запятая нужна: Процесс закончен, не начавшись. Деепричастие сохраняет глагольное значение.
Нет, не нужно.
Можно провести аналогию с самым, пожалуй, известным туристическим маршрутом в России — Золотое кольцо. Название пишется без кавычек: путешествие по Золотому кольцу, города Золотого кольца. Но (с родовым словом): туристический маршрут «Золотое кольцо». Аналогично: путешествие по Государевой дороге, но туристический маршрут «Государева дорога».
Конструкции такого типа распространены в обиходной речи, но находятся за пределами литературной нормы. Нейтральными будут такие, например, варианты: если тебе всё равно, какими будут последствия; если тебе безразличны последствия и др.
Если руководитель волшебной лаборатории именуется именно так, то название правильное. Возможен еще вариант с дефисом: «Волшебная лаборатория Зайки-Любознайки».
Знаки препинания внутри предложения расставлены правильно, в конце предложения нужно поставить точку.
