Дядя Федор – это сочетание, которое можно воспринимать по-разному. Слово дядя имеет значение 'мужчина', поэтому в сочетании с именем собственным по отношению к ребенку оно может осмысляться целиком как имя персонажа. А в именах все слова пишутся с прописной буквы. Однако кажется возможным и другое понимание. Словом дядя шутливо называют сильного и рослого мужчину. Такое обращение вполне возможно и к мальчику. В этом случае написание дядя Федор правильно.

Можно было не исправлять, ошибки здесь нет, возможны оба варианта: не смогла оказать сопротивление и не смогла оказать сопротивления. В конструкциях «не + спрягаемая форма глагола + инфинитив + существительное» существительное, зависимое от инфинитива, может стоять как в форме винительного падежа, так и в форме родительного падежа. См.: Граудина Л. К., Ицкович В. А., Катлинская Л. П. Словарь грамматических вариантов русского языка. – 3-е изд., стер. М., 2008.

У глагола играться постфикс -ся может выражать несколько значений, ср.: ребенку не игралось (не хотелось играть) и ребенок играется с куклой (то же что играет). В «Большом толковом словаре русского языка» под ред. С. А. Кузнецова первое значение – «о наличии желания, настроения играть» (в безличной конструкции) – дано как разговорное, второе («то же, что играть») – как народно-разговорное (при стилистически нейтральном играть), т. е. допустимое в непринужденной устной речи.

Появление глухого или звонкого звука может быть предопределено его положением в слове. Такая глухость / звонкость оказывается несамостоятельной, «вынужденной», а позиции, в которых это происходит, считаются слабыми по глухости / звонкости.

Глухие парные согласные, стоящие перед звонкими, кроме [в], [в’], [й’], [л], [л’], [м], [м’], [н], [н’], [р], [р’], озвончаются, то есть меняются на звонкие: молотьба [малад’ба́].

Таким образом, орфоэпической норме отвечает произнесение [дд'] на месте [тд'].

Представляется, что запятая перед и не нужна. Ее отсутствие подчеркнуло бы стремительность действий: быстро появилась туча и сразу пошел дождь. Первая часть (Но только мы подошли к лесу) вполне может быть осмыслена как общая для второй и третьей. 

Другая интерпретация смысла (Но только мы подошли к лесу, вдруг набежала синяя тучка, и [через некоторое время, потом] из неё посыпался частый крупный дождь) кажется маловероятной. 

Запятая нужна. Здесь действует правило о знаках препинания в сложноподчиненном предложении. Подробнее эта ситуация описана в справочниках Д. Э. Розенталя:

В составе сложноподчиненного предложения может быть неполное предложение — в главной части или придаточной:

1) неполное в главной части: Вот уже два года, как мы женаты...;

2) неполное или близкое к неполному в придаточной части: ...Делайте всё, что нужно; Поставьте, как вам удобно; Сообщите, кому следует...

Если предложение или словосочетание, заключенное в кавычки, должно было бы заканчиваться запятой, но дальше следует продолжение текста, то запятая не ставится ни перед закрывающими кавычками, ни после них. Правильно: Рассмотрим «Положение о мероприятиях, направленных на улучшение содержания животных в неволе» в данном контексте. Подобный «прорыв в исследованиях, кардинально изменивший к лучшему жизнь животных в неволе» был совершен еще в прошлом столетии и не может более считаться новаторским.

Существительное, относящееся к переходному глаголу с отрицанием, может иметь форму родительного или винительного падежа: прошел аттестацию, но не прошел аттестации / не прошел аттестацию. О принципах выбора между падежными формами см. наш Письмовник, а также соответствующий раздел «Справочника по правописанию, произношению, литературному редактированию», где, в частности, говорится, что «при деепричастии или причастии, в связи с книжным характером этих форм», обычно употребляется родительный падеж существительного.