Мы не выполняем домашние задания.

В сложносочиненных предложениях, объединенных вопросительной интонацией, запятая не ставится: Мы ещё это обсудим или я уже могу приступать? А что это за девочка и где она живёт?

Возможно: Изделие должно соответствовать требованиям настоящих ТУ и действующей документации согласно спецификации 00000000, а в случае если настоящими ТУ какие-либо требования не предусмотрены, изделие должно соответствовать ОТУ-83.

Вы совершенно точно выделили и охарактеризовали одну из проблемных областей в действующих правилах пунктуации. Действительно, правило вроде бы обязывает не ставить тире, если между подлежащим и сказуемым-существительным стоит любое наречие или, в соответствии с некоторыми справочниками, обстоятельство. Такую строгую, не допускающую отступлений формулировку можно встретить во многих учебных пособиях по пунктуации, а также в полном академическом справочнике «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006).

Однако Д. Э. Розенталь, видимо, понимал, что это правило не должно быть жестким, правилом-предписанием, что возможны отступления от него. Т. е. это правило фиксирует лишь тенденцию. Поэтому в наиболее полном своде Дитмар Эльяшевич пишет о предложениях с наречиями как о тех случаях, когда тире обычно не ставится. И Ваши наблюдения это подтверждают.

Классический пример в правиле о непостановке тире перед наречиями – предложения с временнЫм наречием: Сергеев теперь известный художник; Москва теперь порт пяти морей; Кино по-прежнему самый массовый вид искусства. Такие наречия являются не определениями к сказуемому-существительному, а обстоятельствами, которые примыкают к опущенной связке (*Сергеев есть (когда?) теперь известный художник). Вы же выделяете другой тип наречий – со значением меры и степени, которые синтаксически связаны с определением при существительном (Прибыль – более гибкий показатель. Гибкий (в какой мере?) более.) Подобных примеров в справочниках нет. 

А. Б. Шапиро считал, что несогласованный второстепенный член, относящийся к сказуемому-подлежащему своим местоположением указывает на границу между составом подлежащего и составом сказуемого. Именно поэтому перед такой распространенной группой сказуемого тире не нужно. Это рассуждение логично. Оно представляет собой попытку определить функцию тире в подобных предложениях. Но кажется, что этот принцип не работает. Тире в приведенных Вами предложениях с наречиями меры и степени более частотно, чем его отсутствие. По-видимому, необходимо более глубоко исследовать эту область письма и уточнить правила.

До этого считать ошибкой постановку тире перед наречием меры и степени вряд ли правильно и следует принимать оба написания.

Это задание (если оно сформулировано именно так) некорректно и невыполнимо. Можно привести одно однокоренное слово – берложный. Возможно, авторы задания ожидают увидеть в качестве ответа слова логово и пр., но берлога и логово в современном русском языке не являются однокоренными словами (да и родство их небесспорно).

В первых двух предложениях вместо тире и запятой следует поставить двоеточие: Я не сомневалась, что мне приснятся пораженные чумой города: когда я чем-то долго занималась, сны становились продолжением дневных занятий. Хорошо, что я защищен: не очень приятно ловить такие подарочки.

В третьем предложении запятая нужна: Нельзя утверждать, что уроки оказались бесполезными, – из них я вынес первые знания об анатомии.

Да, ни в одном из существующих справочных пособий нет рекомендаций по написанию названий, оформленных латиницей. Мы рекомендуем не заключать такие названия в кавычки вот на каком основании: кавычки – выделительный знак, а написание латиницей в русском тексте само по себе является выделительным.

1. После определительных, указательных и притяжательных местоимений не выделяется определительный оборот, если он тесно примыкает к ним (как в приведенном примере). 2. Запятая нужна.

Верно: После этого прозвучала композиция «D’You Know What I Mean?».

В русском языке названия произведений, документов и других объектов, записанные на латинице, обычно не выделяют кавычками, поскольку латиница сама по себе служит достаточно сильным средством выделения. Однако запрета на использование кавычек в сочетании с названиями, написанными латиницей, нет. В приведенном примере уместно использовать кавычки, чтобы избежать конфликта знаков препинания в конце предложения.