Это происходит потому, что правила склонения фамилий – один из наиболее сложных разделов русской грамматики (главным образом ввиду разветвленности самой системы имен и фамилий). Этим правилам уделяют недостаточно времени в школе на уроках русского языка, хотя вопрос «Склоняется ли моя фамилия и как?» встает практически перед каждым носителем фамилии, не оканчивающейся на -ов(а) или -ин(а). Отсюда столько вопросов на эту тему (в том числе в нашем «Справочном бюро» – ежедневно) и столько ошибок. Не застрахованы от ошибок и работники официальных органов, учреждений образования и др. организаций, выдающих документы гражданам.

Тем не менее, если Вы откроете любой нормативный грамматический справочник, Вы прочитаете правило: склоняются мужские и женские фамилии, оканчивающиеся на -а, -я, которым предшествует согласный (кроме французских с ударением на последнем слоге типа Дюма, Золя). Фамилия Воевода – не исключение.

Деепричастный оборот нужно обособить. 

Вы написали окончания правильно. Географические названия на -ов (-ев), -ово (-ево), -ин, -ино (-ыно) имеют в творительном падеже окончание -ом, например: Львов – Львовом, Канев – Каневом, Крюково – Крюковом, Камышин – Камышином, Марьино – Марьином, Голицыно – Голицыном.

В отличие от названий городов русские фамилии на -ин (-ын) и на -ов (-ев) имеют в творительном падеже единственного числа окончание -ым, ср.: Пушкин (фамилия) – Пушкиным и Пушкин (город) – Пушкином; Александров (фамилия) – Александровым и Александров (город) – Александровом.

Оба варианта фразы верны.

Илона — один из вариантов (венгерский) имени Елена.

Всё зависит от того, к чему относится сочетание в количестве 5 (пяти) единиц хранения: если к слову (не подлежащих) хранению, то не нужна, если к слову уничтожению (имеется в виду, сколько документов нужно уничтожить) — нужна.

В обоих случаях - НЕ.

Пунктуация верна.