Судя по всему (хотя контекст предложения не приведен), сочетание в конце концов здесь имеет значение «после всего, в завершение, напоследок», выполняет функцию обстоятельства и не требует обособления. Подробнее см. «Справочник по пунктуации».
В данном случае пишется раздельно, поскольку: 1) подчеркивается отрицание; 2) частица НЕ тесно связана со сказуемым (по сути - является частью сказуемого).
Согласно правилу (см. § 186), в названиях монастырей, храмов, икон пишутся с прописной буквы все слова, кроме родовых наименований (церковь, храм, собор, лавра, монастырь, семинария, икона, образ) и служебных слов. Орфографически верно: церковь Кайзера Вильгельма.
Правилен второй вариант. Опереться можно на примеры в правиле о подлинных выражениях, вставленных в текст. Подлинные выражения, представляющие собой законченные предложения, начинаются с прописной буквы.
«Подлинные выражения, вставленные в текст в качестве элементов предложения, выделяются кавычками, но двоеточие перед ними не ставится: Это «не хочу» поразило Антона Прокофьевича (Г.); Предположение дневального, что «взводный нажрался и дрыхнет где-то в избе», всё больше собирало сторонников (Ф.); Он вспомнил пословицу «За двумя зайцами погонишься — ни одного не поймаешь» и отказался от первоначального плана; С криком «Спасайте детей!» юноша бросился в горящее здание» (Розенталь Д. Э. Справочник по пунктуации для работников печати. М., 1984).
.«...Если прямая речь непосредственно включается в авторское предложение в качестве его члена, то она заключается в кавычки, знаки же препинания ставятся по условиям авторского предложения: Сказав Гричмару фразу «Легкой жизни не бывает, есть лишь легкая смерть», Крымов поймал на себе беспокойный, предупреждающий взгляд Стишова (Бонд.) (Правила русской орфографии и пунктуации. Полный академический справочник / Под ред. В. В. Лопатина. М., 2006)».
Обратите внимание: в конце предложения нужно поставить точку.
Однажды я застал забавный диалог, один из участников которого задавался вопросом «Почему в нашем мире нет магии?».
Возможен и другой вариант.
Однажды я застал забавный диалог, один из участников которого задавался вопросом: «Почему в нашем мире нет магии?»
В этом случае нужно ориентироваться на удобочитаемость текста, например на однозначность отнесения прямой речи к определенному лицу. Ваш вариант выглядит вполне удобочитаемым.
С уважением,
Елена
Знаки препинания расставлены верно.
