Чимкент – русское название города, Шымкент – казахское. Если приводить казахское название, то с буквой Ы: в иноязычных именах собственных написание Ы после шипящих возможно.

Предпочтительно (но не строго): контроль за обучением. Фраза "Занятия проводить в соответствии с... принятием зачетов по окончании обучения" некорректна. Запятая здесь не требуется.

Можно цитировать какое-то произведение Чехова, т. е. приводить выдержку из него, или цитировать Чехова (если речь идет о высказывании). Цитировать слова - неудачный оборот.

В Калининградской области есть поселок Ливны. Возможно, именно с этим топонимом связана история названия Вашего поселка. Справочная служба не располагает возможностью проводить топонимические изыскания. 

Пример слова спагетти показывает варианты развития «грамматических» событий, какие могут происходить в жизни новых слов на -и, заимствуемых из итальянского языка теми, кто говорит и пишет по-русски. Неологизмы могут определяться как существительные среднего рода или как существительные в форме множественного числа, что выводит за рамки обсуждения родовых признаков. Есть еще один путь решения вопроса о родовой принадлежности двух обсуждаемых неологизмов — принять во внимание род опорного слова. В этом случае наглядным примером служит брокколи: это существительное женского рода, что предсказано его смысловой связью с опорным словом капуста.

Вот самая свежая фиксация в академическом орфографическом словаре на ресурсе «Академос» Института русского языка им. В. В. Виноградова РАН:

альпа́к, -а и альпа́ка, -и, род. мн. -ов и альпа́к [изменено, ср. РОС 2012: альпака́, нескл., м. и ж. (животное) и с. (шерсть, ткань)]

Таким образом, словарь признал, что слово это стало склоняемым, а ударение в нем падает на вторую а. В других словарях пока еще можно встретить старую рекомендацию не склонять это слово и произносить альпака́, но этот вариант стремительно уходит из языка.

Никак, следует проводить либо лексическую правку (замена слова, вставка другого слова), либо грамматическую перестройку предложения. Например: тридцать три штуки саней, сани в количестве тридцати трех штук.

Всё зависит от типа текста: рассказывая о своем предке, Вы, разумеется, вправе называть его Тимофеем Михайловичем, однако при цитировании официальных документов должны приводить оригинальную форму записи. 

Нет, это разные значения: прямое (проводить черту под текстом, выделяя его) и переносное (обращать внимание на что-либо). Подчеркивать важность чего-либо не обязательно означает выделять это графически.