Если ЭЛЛА — это аббревиатура, то склонять ее не следует. Ср.: Он служил в РККА (Рабоче-крестьянской Красной армии).

Возможные варианты: миссис П., миссис Пэ.

Вы правы, наращение не пишется.

К этому ряду слов более подошло бы задание «Укажите однозначное слово». Все слова, кроме лук (в значении 'оружие'), многозначны. Это можно проверить по толковому словарю на нашем портале. Можно предположить, что в задании ошибка (ошибки такого рода иногда встречаются). Однако даже в этом случае задание некорректно, потому что существует два омонимичных слова лук, одно из которых имеет два значения (см. словарь). 

Корректно: 1. Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Федеральный исследовательский центр «Институт ...............» (ИОФ РАН), именуемое в дальнейшем «Покупатель»... 2. ...в лице Генерального директора Гусевой Евгении Николаевны, действующего на основании...

Полным академическим справочником «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и более поздние издания) предусмотрена постановка запятой и тире как единого знака в сложноподчиненном предложении, если предложение построено в виде периода, который делится на две части — произнесенные с повышением и понижением тона (запятая и тире ставятся на месте деления): Если зашумела старая листва под ногой, если закраснелись веточки разные, если вербы развернулись, если заговорили деревья разных пород ароматом своей коры, — то, значит, есть в березах движение, и нечего портить березу (Пришв.). В таких предложениях главная часть часто имеет обобщающий характер и завершает перечисление впереди стоящих придаточных: Когда я оказывалась в лоне одесского семейства, когда слушала Микину скрипку, когда, плывя на спине, смотрела в глубокое небо, — всё становилось на свои места (Зерн.); Что горько мне, что тяжко было и что внушало прибыль сил, с чем жизнь справляться торопила, — я всё сюда и заносил (Тв.). О том, что этот знак в настоящее время утратил актуальность, в справочнике не говорится, иными словами, такая пунктуация отвечает и современной письменной норме.

А вот два других случая употребления запятой и тире как единого знака в справочнике отмечены как устаревшие. Это запятая и тире между частями сложносочиненного предложения: На очереди были полицейские пункты, — и там о Давиде никто ничего не слыхал (Пришв.), а также выделение этим знаком вставных конструкций: Вы садитесь в коляску, — это так приятно после вагона, — и катите по степной дороге (Ч.).

Названия Певек и Анадырь после слова город (г.) нужно согласовывать с определяемым словом, то есть склонять.

Вероятно, Ваш преподаватель подозревает глагол защитить, однако он образует нормативную форму 1 лица единственного числа настоящего/будущего времени: я защищу. Эта форма приведена во всех нормативных словарях, в том числе и размещенных на нашем портале. 

В обоих случаях запятая нужна. Это сложноподчиненные предложения. Между главной и придаточной частями ставится запятая.