Устойчивое выражение: Шила в мешке не утаишь.
Правильно: не делает того, что хочет. Подробные рекомендации по выбору падежа при отрицании см. в «Письмовнике».
Следует писать раздельно: еще не изученный.
Запятые поставлены правильно.
Корректно слитное написание: недолго – мало. Но возможно и раздельное написание, если необходимо подчеркнуть отрицание.
Предпочтительно слитное написание.
Оба варианта правильны.
По общему правилу присоединительные конструкции обособляются: степень очистки сточных, в том числе дренажных, вод до нормативного уровня... Но вторая запятая может и отсутствовать, если присоединительная конструкция тесно связана по смыслу с последующей частью и при произношении не отделяется паузой. Окончательное решение принимает автор текста.
Предпочтительно: не оставляйте чашки (пакеты), так как речь идет о конкретных предметах.
Верно: не подавая признаков жизни.