О разнице в конструкциях по вопросу (чего?) и по вопросу (о чем?) см. в ответе на вопрос № 311437.
Правильно: по применяемой ставке налогообложения.
В современном русском языке звательный падеж сохраняется в виде отдельных словоформ: отче, Боже, Маш, пап, Вов и т. д. Говорить об окончательном исчезновении пока рано.
В школьной методике преподавания русского языка такой вывод в принципе возможен. Но он слабо отражает реальное положение дел. Правильнее было бы обойти этот вопрос в школе, чтобы потом вернуться к нему в вузе (т. е. решить его, руководствуясь более обширными знаниями о морфемных исторических чередованиях).
В непринужденной разговорной речи существует тенденция склонять такие фамилии, когда они принадлежат мужчинам, действующая тем сильнее, чем ближе общение с носителем фамилии. Подробнее читайте в "Письмовнике" (пункт 13.1.6).
В словаре А. Н. Тихонова отражена словообразовательная система русского языка на синхроническом уровне: в одно словообразовательное гнездо входят слова, считающиеся родственными в современном русском языке. Существительное поезд в современном языке имеет два значения: 1. Состав сцепленных железнодорожных вагонов, приводимых в движение паровой, тепловой или электрической энергией; 2. Ряд, вереница повозок, экипажей, саней и т. п., следующих друг за другом в одном направлении. В обоих значениях живая семантическая связь с глаголом ездить утрачена, значение приставки по- не определяется, поэтому слово рассматривается как непроизводное, с корнем поезд-.
В собственно морфемных словарях, опирающихся на формально-грамматический подход, в слове поезд выделяется корень -езд- и приставка по- (см., например «Словарь морфем русского языка» под ред. А. И. Кузнецовой и Т. Ф. Ефремовой).
Здесь необходимо учитывать смысловые отношения слов и сочетаний. Так, если обстоятельство по причинам (не зависящим от сторон договора) уточняет обстоятельство в связи с расторжением договора и оба этих обстоятельства относятся к сказуемому прошу, то запятая нужна; если имеется в виду, что расторжение договора произошло по причинам, не зависящим от сторон договора, то запятая не нужна.
Правильно: по окончании, по завершении. Предлог по в значении 'после' употребляется с существительными в форме предложного падежа.
Даже если окончание срока давности является причиной того, что дело закрыто, при таком строе предложения возможен лишь один вариант: по истечении срока давности.