Корректно: «Навигатор» позволяет выбирать на DVD фрагменты для воспроизведения, такие как, например, эпизоды, закладки или клипы. Для второго примера возможны варианты: Он дублирует некоторые функции, имеющиеся на "Пульте" (например, движок регулятора громкости), и, таким образом, Вы можете легко изменять настройки (таким образом выделяем как вводное) и Он дублирует некоторые функции, имеющиеся на "Пульте" (например, движок регулятора громкости), и таким образом Вы можете легко изменять настройки (таким образом в значении «таким способом»).

В примечании 4 к параграфу 49.1 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя указано, что в подобных случаях вставка оформляется только запятыми: Моделирование, отмечает И.И.Иванов, обеспечивает доступность для исследования причин изменений… Предполагается, что автор стремится передать общее, фактическое содержание передаваемой речи. Добавим, что если автор хочет подчеркнуть, что цитирует источник дословно, оформление фрагмента как прямой речи уместно: «Моделирование, — отмечает И.И.Иванов, — обеспечивает доступность для исследования причин изменений…».

В данном предложении определяемым словом для причастного оборота обусловливающих опасность микробного загрязнения подземных вод является существительное объектов.   

Написание с прописной нарицательных существительных, используемых не в своем обычном значении, потерявших свое прямое значение, регламентировано для имен людей (Ричард Львиное Сердце) и составных географических названий (Кузнецкий Мост, Ясная Поляна). Написание Волшебная Печенька соответствовало бы правилу, если бы это сочетание было прозвищем или географическим названием, например: деревня Волшебная Печенька. 

Название сети магазинов орфографически правильно было бы писать «Волшебная печенька» (независимо от ассортимента их товаров), но при этом приходилось бы учитывать, в каком виде зарегистрировано название торговой марки, и сохранять это написание в официальных документах.

Даже в отсутствие словарной фиксации можно однозначно утверждать, что написание раменъя недопустимо. По правилам русской орфографии разделительный ъ пишется после согласных перед буквами я, ю, ё, е только в 3 случаях: 1) после приставок, оканчивающихся на согласный (объехать); 2) в сложных словах после начальных частей двух, трёх, четырёх и в словах панъевропейский, фельдъегерь; 3) при передаче иноязычных собственных имен и производных от них слов (Кизилъюрт). Во всех остальных случаях в разделительной функции используется ь. Понятно желание авторов статьи подчеркнуть твердость согласного н, но в разделительной функции ь не указывает на мягкость предшествующего согласного и может использоваться в том числе после твердых согласных (ср. шью).

Запятая перед тире нужна, так как необходимо закрыть придаточное предложение что государство не способно функционировать без централизации. Заметим, однако, что в данном случае между частями бессоюзного сложного предложения лучше поставить двоеточие, так как вторая часть имеет значение причины, обоснования: Следует с особой осторожностью внимать тем, кто утверждает, что государство не способно функционировать без централизации: в этом случае, сами того не осознавая, люди обычно ведут речь о централизации правительственной власти.