Верно: 50 000 швейцарцев запретили. Обратите внимание, что при такой форме записи читатель может подумать, что числительное стоит в именительном, а не дательном падеже и 50 000 швейцарцев является подлежащим, а не дополнением. Поэтому рекомендуем перестроить предложение или написать: 50 тысячам швейцарцев запретили...

Сочетания нельзя переоценить, трудно переоценить верны. Переоценить – оценить слишком высоко, выше чем следует. Смысл такой: вклад Гете в развитие немецкой поэзии настолько велик, что даже самая высокая его оценка будет правильной, нельзя будет сказать, что этот вклад оценили выше, чем следовало бы.

В современном русском языке эти слова однокоренными не являются. Однако этимологически они могут быть родственными: есть гипотеза (разделяемая, впрочем, не всеми лингвистами), что говно восходит к той же праславянской основе govedo 'крупный рогатый скот', что и говядина, и первоначально говно означало 'коровий помет'.

Рекомендация о дублировании знака переноса приводится только в полном академическом справочнике «Правила русской орфографии и пунктуации» под редакцией В. В. Лопатина. Это авторитетный источник, ссылка на него достаточно убедительна. Условия дублирования знака переноса в справочнике описаны так: «При переносе может потеряться различие между написаниями слов слитно и через дефис; ср.: военно-/обязанный (пишется военнообязанный) и военно-/морской (пишется военно-морской). Для сохранения различия надо во втором случае повторить дефис в начале перенесенной части: военно-/-морской. Это правило применяется по желанию пишущего».

Из правила следует, что его нужно применять тогда, когда необходимо показывать разницу между дефисными и слитными написаниями. Прием может быть полезен, например, в учебной и справочной литературе.

Нам представляется, что Вы предложили весьма удачное решение: система клинико-этиологической и анатомо-патофизиологической классификации. 

Противопоставление может быть подразумеваемым или извлекаемым из контекста, так что корректно раздельное написание.

Второй вариант лучше.

Если письмо пишет директор, то лучше: "прошу Вас". "Просим Вас" - если подчеркивается, что письмо написано от имени всей компании.

Глухой как сивый мерин – искажение (сознательное или неосознанное) фразеологического оборота врет как сивый мерин. Врать как сивый мерин – нагло, беззастенчиво врать. А со словом глухой употребляются другие обороты: глухой тетерев, глухая тетеря.

Склонение ряда фамилий (как в единственном, так и во множественном числе) оказывается затруднительным из-за неясности, должна ли в них сохраняться беглость гласных по образцу омонимичных им или похожих по внешнему виду нарицательных существительных (Кравеца или Кравца — от Кравец,  Журавеля или Журавля — от Журавель, Мазурока или Мазурка — от Мазурок и т. п.). Разрешение таких затруднений не может быть обеспечено правилами. Однако многие кодификаторы полагают, что выпадение гласных при склонении таких фамилии нежелательно, так как оно мешает выводимости форм именительного падежа из форм косвенных падежей.