Поскольку после ряда поясняющих приложений находится противительный союз но, перед ним должна быть поставлена запятая, а второе тире ставить не нужно (см. примечание 1 к параграфу 19.10 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя): Ученый как-то сказала, что не может понять, что они такое — государство-нация, религия или корпорация, но они явно умеют действовать как все три.

В высказывании Тот, кто думает, что он умнее других, априори глуп слово априори употреблено в значении, приведенном в «Большом толковом словаре» вторым. В данном случае подразумевается: «других доказательств, что он глуп, не нужно».

Запятая нужна, чтобы закрыть придаточную часть.

Оба варианта корректны, но в приведенном контексте предпочтительно множественное число сказуемого, подчеркивающее раздельность предметов: ...понять, как работают тело и сознание.

Корректно: Закончив с одним делом, он взял в рот сигарету — и в тот миг, когда хотел зажечь спичку, внезапно упал лицом вниз и умер. Знак препинания перед союзом и не требуется, но предлагаем поставить тире для подчеркивания значения внезапности.

Здесь верен второй вариант. Главная часть образует с придаточной так называемое местоименно-союзное предложение: средством связи в нем служит не только союз что, но и местоименное наречие так. Сложноподчиненные предложения этого типа имеют значение степени, следствия. В нашем случае следствие из того, что Романов был встревожен и занят своими мыслями, состоит в том, что он не мог понять, который час (а не в том, что он видел стрелки на циферблате). Следовательно, союз что относится не столько к сочетанию видел стрелки на циферблате, сколько к сочетанию не мог понять. Получается, что сказуемые видел и не мог понять являются однородными, образуя одну придаточную часть (представляющую собой неполное предложение, подлежащее в котором восстанавливается из предыдущей части).

При прошедшем времени глагол-сказуемого причастие настоящего времени указывает на постоянный признак, причастие прошедшего времени – на временный признак.