Запятую ставить не нужно.

Присесть и оказаться – однородные члены предложения. Сочетание таким образом не обособляется, т. к. употребляется здесь в значении 'таким способом'.

Пунктуационно верно: Недостатком представленной ими работы является то, что они рассмотрели очень ограниченное число доводов, что не соответствует поставленной проблематике, в которой они позиционируют себя как эксперты.

Здесь лучше: ...для ответа на поставленные вопросы и заполнения...

Вас не случайно смущает употребление сочетания в том числе в этом предложении. И дело не только в пунктуации. Словари говорят, что это сочетание является союзом и используется «для присоединения слов, использующихся для обозначения, выделения человека или предмета, на к-рые среди прочих (прочего) распространяется сказанное в предыдущей части», например: Пришли все, в том числе и Мухин. Многие сотрудники, в том числе он, сейчас в отпуске. В таких случаях в том числе открывает собой присоединительный оборот. 

В приведенном Вами предложении нет присоединительного оборота. Сочетание в том числе здесь используется в значении, не зафиксированном словарями, — в значении ‘не только, но и’. Здесь оно показывает, что помимо того, о чем говорится в предложении, подразумевается что-то еще (в Вашем случае — что документация может быть представлена и в других формах, помимо формы интерактивных руководств). Подобные случаи в справочниках не рассмотрены, о чём пишет М. М. Харченко в статье, посвящённой нерешённым проблемам современной пунктуации. Судя по приводимым в статье примерам, в большинстве случаев знаки препинания при таком «самостоятельном» в том числе не требуются. Полагаем, что не требуются они и в Вашем примере.

Если сочетание в рамках исполнения контракта на выполнение строительно-монтажных работ является обстоятельством к сказуемому произвели, а не определением к сочетанию гарантийных писем (что теоретически возможно), то поставить указанные запятые нужно для удобства восприятия предложения.

Верно с запятой после бестселлеров.