Верен первый вариант. Поясняющее приложение выделяется парным тире: Это Спящий Саян, Братья — две каменные пирамиды с идеально гладкой параболической перемычкой между ними — и Висячий камень.

Это означает, что произношение этого слова предполагает два ударения: основное на на последнем слоге и побочное (более слабое) на первом. См. разные знаки ударения: 

а̀втосало́н

Да, в этом слове корень приват-, суффиксы -из- и -ациj-, окончание -а. Буква я обозначает два звука, из которых первый относится к суффиксу, второй — к окончанию.

В данном случае раздельное написание обусловлено намерением автора текста подчеркнуть отрицание. На первый план здесь выходит не утверждение доброты анархистов, а отрицание суждения, что они злые люди.

Возможны оба варианта. Стилистически нейтральным и более распространенным является второй вариант. В первом случае подчеркивается признак предмета, но такого словорасположения следует избегать в деловых и научных текстах.

В первой части: Щука — подлежащее, попалась большая — составное именное сказуемое с так называемой знаменательной связкой.

Во второй части: главный член безличного предложения было много хлопот.

Запятая не просто уместна, она необходима. Если заголовок состоит из двух частей, соединенных союзом или, перед союзом ставится запятая, а первое слово второго названия пишется с большой буквы.

Стилистически оба варианта неудачны: в первом случае мешают восприятию фразы два родительных падежа, во втором - три существительных подряд в разных падежах останавливают внимание читателя (работе машинистом бульдозера).

Возможные варианты: рассмотреть на заседании комиссии и рассмотреть комиссией. В первом случае выражается мысль о том, каким образом будет рассматриваться некий вопрос, в во втором — кем будет рассматриваться.

В обоих предложениях запятая перед и не требуется, поскольку у двух частей сложного предложения есть общие элементы: третья часть предложения (в первом примере) и вводные слова (во втором).