Слово кофе пришло к нам во времена Петра I вместе с самим напитком. Как это часто бывает с новыми словами, у него было поначалу несколько вариантов написания и произношения, и со временем наиболее употребительными стали формы кофий и кофей, возникшие под влиянием слова чай (выпить кофея как выпить чая). Эти формы, разумеется, были мужского рода (кстати, в русском языке и сейчас есть слово кофеёк мужского рода). Под их влиянием и слово кофе приобрело мужской род.

Другое дело, что в отличие от слов кофий и кофей существительное кофе несклоняемое. Вы правы: несклоняемые неодушевленные существительные иноязычного происхождения, оканчивающиеся на гласную, в русском языке в подавляющем большинстве случаев относятся к среднему роду, исключения единичны. Поэтому кофе и стремится стать существительным среднего рода. И это нормальный языковой процесс, в истории русского языка есть много примеров того, как слова меняли родовую принадлежность, достаточно назвать хотя бы слово метро, которое было мужского рода (под влиянием существительного метрополитен), а стало среднего.

Но слову кофе «не повезло»: оно попало в тот небольшой список слов (кофе, договор, звонит...), к которым приковано общественное внимание и изменение нормы в которых воспринимается носителями русского языка как признак его «деградации», «порчи» и т. д. Такое негативное отношение образованных носителей языка к этому варианту влияет на его кодификацию: варианты черный кофе и черное кофе пока не признаются равноправными. В словарях мужской род слова кофе дан как строгая литературная норма, а средний род – как допустимое разговорное употребление.

В орфографических словарях зафиксировано написание с прописными буквами, склонение второй части необходимо, например: исполнила партию Царевны Лебеди, думаю о Царевне Лебеди, идет рядом с Царевной Лебедью.

Слово темп по-прежнему произносится [тэ]мп. Мягкое произношение согласного т неправильно. Что касается слова диета, то написание его через э было нормативным еще в первой половине XX века: в Толковом словаре русского языка под ред. Д. Н. Ушакова (1935–1940) дано: диэта и диета. Правилами русской орфографии и пунктуации 1956 года установлено написание диета в качестве единственно правильного (видимо, где-то старые вывески висели еще несколько десятилетий).

Запятые в обоих случаях не нужны.

Запятая ставится между однородными обстоятельствами взвешивая и отвергая. Тире, выделяющие вставную конструкцию, не влияют на расстановку других знаков препинания в предложении.

Верная пунктуация: При этом обратим внимание на то, что, если покупателю в установленные сроки необходимо приобретение определенного вида товаров и если цена договора на поставку товара не превышает 100 тыс. руб., у поставщика указанных товаров есть возможность...

Пробелы нужны, такое написание зафиксировано в "Русском орфографическом словаре" РАН. Пробелы ставятся между сокращенными словами.

Вы написали верно: хлебобулочных, сырково-творожной.

По правилам слово президент пишется с большой буквы при официальном употреблении (в текстах официальных документах, в полных официальных названиях и т. д). Поскольку заголовок новости не является официальным документом и полное официальное название комиссии в заголовке не приводится, слово президент корректно писать в нем строчными.

«Орфоэпический словарь русского языка» под ред. Р. И. Аванесова указывает на допустимость и твердого, и мягкого произношения согласного в словах бактерия и бассейн. Выбор за Вами.

Нужно склонять: диплом Натальи Харчины.