Верно: Вам точно известно, каким образом был украден кофе?

В устной разговорной речи допустим вариант, когда кофе используется как существительное среднего рода: ...каким образом было украдено кофе?

Как ни странно, прилагательное близкий - непроизводное (исходное), поэтому к- - это часть корня. Существительное близь ("то, что близко") - производное, образовано от прилагательного с усечением основы. С прочими приведенными Вами примерами такая же ситуация.

Слово лиро-эпический пишется через дефис как сложное прилагательное с сочинительным отношением основ. Существительное лироэпика появилось значительно позже прилагательного. Конечно, это не исключает установления обычных словообразовательных связей: образования прилагательного от существительного. Тогда можно сказать, что лиро-эпический пишется через дефис как исключение из правила о слитном написании прилагательных, образованных от слитно пишущихся существительных.

Слитное написание не с глаголами не допускается правилами русского правописания (кроме тех случаев, когда глагол без не не употребляется). Правильно в любом случае не уважаю, не принимаю.

Это неверно. Мужчина – существительное мужского рода.

Пирожное - это существительное, образованное от прилагательного, имеющее форму прилагательного и ведущее себя в предложении как прилагательное. А прилагательные согласуются со словами два, три, четыре во мн. ч.: два вкусных пирожка.

Так и есть. Это существительное (работать в онлайне) и наречие (выполнять задания онлайн).

Это существительное и сказуемое. Тире уместно.

Менялась словарная фиксация в академических словарях. Существительное апостиль прежде фиксировалось с иным ударением – на о (см.: Русский орфографический словарь / Под ред. В. В. Лопатина. 2-е изд. М., 2005). Начиная с 4-го издания (М., 2012) – апостиль. Фиксация апостиль – также в «Орфоэпическом словаре русского языка» под ред. Н. А. Еськовой (10-е изд. М., 2015), в «Новом словаре иностранных слов» Е. Н. Захаренко, Л. Н. Комаровой, И. В. Нечаевой (3-е изд., испр. и доп. М., 2008).

Действительно, мы нередко определяем род несклоняемого иноязычного существительного по роду русского слова, которое рассматривается как синоним или как родовое наименование для данного неизменяемого существительного. Авеню женского рода, потому что слово улица женского рода, а пенальти мужского рода, потому что здесь влияет род слова (штрафной) удар. Но это скорее исключение, чем правило. Очень часто такая проверка не работает, внешний фонетический облик иноязычного слова оказывается более сильным фактором, и слово приобретает характеристику среднего рода. Среднего – потому что это общая закономерность для русского языка: несклоняемые иноязычные существительные, оканчивающиеся на гласный, обозначающие предмет, относятся к среднему роду. Ср.: пальто, кашне, метро, кафе  и т. д.

Вот и в данном случае решающее значение имеет облик иноязычного слова, а не его русский синоним. Несмотря на то что медресе – это школа, существительное медресе относится к среднему роду. Правильно: старейшее медресе.