Дело не в словообразовании, а в графике. Все слова такого рода являются заимствованиями, и при "переводе" их на кириллическое написание используется принцип транслитирации, то есть побуквенной передачи слов одной графической системы средствами другой системы. Ср.: паранойя — греч. παράνοια; маракуйя — тупи mara kuya и т. п. Да, написание таких слов нарушает слоговой принцип графики, согласно которому гласные и согласные буквы пишутся и читаются с учетом соседних букв. Иначе говоря, в основе этого принципа лежит графический слог как единица чтения и письма: поэтому, например, мы пишем сарая (Р. п. ед. ч.), хотя в этом слове корень сарай (совпадающий с формой Им. п. ед. ч. существительного) и окончание -а. 

Написания типа паранойя, фойе, йогурт нарушают слоговой принцип графики, однако позволяют подчеркнуть иноязычную природу подобных слов. 

Корректно: В Минсельхозе говорят о снижении средней стоимости продукта первой категории на 22,6 % (до 73,2 руб. за десяток), второй — на 29,5 % (до 58,6 руб.). 

Придаточное здесь как раз и зависит от деепричастия и, соответственно, входит в состав деепричастного оборота. Хотя в школе на это обычно внимания не обращают, а напрасно.

Да, понятия фонетический слог и слог для переноса не всегда совпадают. Удвоенные согласные, входящие в корень или образующие стык корня и суффикса, разбиваются переносом, хотя входят в один фонетический слог.

Поблагодарите сотрудника за помощь.

Придаточную часть нужно закрыть запятой: То, что еще год назад приносило стабильный результат, — дробление кампаний, узкие аудитории, десятки креативов — сегодня перестает работать.

Такие участки обычно называют стихами (реже - строками).

Корректно: А что делать, если я пропустил занятие? Нестрашно: для того чтобы принять участие в поездке, вы должны посетить минимум 85% встреч.

Как правило, слова тем более не являются вводными, запятые не нужны. Редкие исключения встречаются в художественной литературе.