Подстрочные примечания применяются в тех случаях, когда необходимо дать важные текстологические комментарии (без которых читателю будет трудно понять смысл текста), когда необходимо перевести иноязычное слово и дать какие-либо иные пояснения к тексту.

Если Вы желаете использовать кавычки, то заключить в них следует только прилагательное, ведь "улыбка" используется в привычном значении. На наш взгляд, можно обойтись и без кавычек, поскольку трудно понять это выражение "неправильно".

Нормативными словарями слово не зафиксировано. Однако предполагаем, что первая часть представляет собой усеченное прилагательное (ср. косме́тико-эстети́ческий, косме́тико-стиматологи́ческий) и поэтому ударение дожно падать на второй слог: космéтик-эстетист.

В общем случае такие слова пишутся строчными буквами - почетная грамота, благодарность, благодарственное письмо. При этом в отдельных документах встречается употребление прописной буквы.

В последнем предложении неудачно употреблено слово попадание. Более соответствующим содержанию будет слово погружение или словосочетание продолжительное погружение. 

Сочетание автомобильного бензина и дизельного топлива играет поясняющую роль при сочетании маржинальной продукции. Пояснительные конструкции выделяются парными знаками — тире или запятыми. Значит, в указанном месте нужно поставить второе тире.

Вы правы, необходимая по условиям контекста запятая переносится за закрывающую скобку. См. пункт 1 параграфа 158 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.).

Лучше поставить тире на месте опущенного слова фабрик: В 2013 году в России работало 165 яичных фабрик и 149 – выпускающих мясо бройлера.

«Русским орфографическим словарем» РАН (4-е изд. М., 2012) установлено раздельное написание обоих сочетаний: линейно зависимый, линейно независимый. 

Проблема слитного, дефисного, раздельного написания сложных слов – одна из самых острых в современной орфографии. «Решение ее упирается в несовершенство действующих до сих пор "Правил русской орфографии и пунктуации" 1956 года, – пишет Б. З. Букчина в предисловии к словарю "Слитно? Раздельно? Через дефис?" (М., 2013). – Правила, регламентирующие этот раздел орфографии, были построены на ограниченном материале, на сравнительно небольшом количестве сложных слов. Вполне естественно, что более чем за полвека существования этих правил в их формулировках обнаружился ряд существенных пропусков и неточностей, появилось много новых слов и их типов, написание которых этими правилами не регламентировалось. Нечеткость формулировок правил вызывала разнобой в написании в разных словарях и даже в разных изданиях "Орфографического словаря русского языка" Института русского языка имени В. В. Виноградова РАН».