Сочетание я думала употреблено здесь в функции вводного, оно имеет модальное значение «неуверенность, предположение» и тесно примыкает к союзу а, находящемуся в начале предложения. Таким образом, корректно: А я думала, сова.

После присоединительного союза (в начале самостоятельного предложения) запятая обычно не ставится, так как союз тесно примыкает к следующему за ним вводному слову. Однако запятая возможна при интонационном выделении вводных слов. Окончательное решение принимает автор текста.

Корректная пунктуация: Антон Антонович был, несмотря на небольшие нарушения, хорошим городничим. Обороты, присоединяемые предлогом несмотря на, обычно обособляются (за исключением тех случаев, когда оборот входит в состав сказуемого или тесно связан с ним по смыслу).

Слова «как полагается», «как положено» не являются вводными и не обособляются, если они входят в состав сказуемого или тесно связаны с ним по смыслу.

Запятая не требуется: Интересно, что вам помешало сделать все как положено.

В этом случае сравнительный оборот тесно связан со сказуемым и составляет смысловой центр предложения: смысл предложения не в том, что она умела произносить русский (звук) Н, а в том, как именно она его умела произносить.

Не обособляется деепричастный оборот, тесно связанный по содержанию со сказуемым и образующий смысловой центр высказывания. На наш взгляд, в Вашем предложении запятая все же нужна, так как предложение содержит два смысловых центра – сказуемое и деепричастный оборот.

Обычно обособляются обстоятельства с предлогом ПО и именем собственным (часто - в начале предложения). Однако в Вашем примере запятые не нужны: слова "по Иванову" служат для введения придаточного предложения и при этом тесно связаны со сказуемым.

После присоединительного союза (в начале самостоятельного предложения) запятая перед вводным словом обычно не ставится, т. к. союз тесно примыкает к вводному слову. Запятая ставится только при сильном интонационном выделении вводного слова. Окончательное решение – за автором текста.

В этом предложении сказуемое не дошла соединено с тесно связанной по смыслу парой сказуемых стала вырастать и поднялась. В таких случаях запятая перед союзами не ставится (см. параграф 13.8 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя).

Д. Э. Розенталь описал закономерность, в соответствии с которой запятая в приведенном Вами случае не ставится.

«При двух однородных членах предложения с повторяющимся союзом и запятая не ставится, если образуется тесное смысловое единство (обычно такие однородные члены не имеют при себе пояснительных слов): Кругом было и светло и зелено (Т.); Он носил и лето и зиму старую жокейскую кепку (Пауст.); Прибрежная полоса, пересечённая мысами, уходила и в ту и в другую сторону (Сем.); Он был и весел и печален в одно и то же время.

Такие смысловые единства образуются словами с ассоциативными (часто антонимическими) связями: и брат и сестра; и родители и дети; и отцу и матери; и с сыном и с дочерью; и друзья и враги; и слава и позор; и зрение и слух; и тело и душа; и глухой и немой; и море и горы; и музыка и пение; и стихи и проза; и любовь и ненависть; и радость и горе; и зимой и летом; и ножи и вилки; и блюдца и чашки; и он и она». 

В приведенный ряд примеров вписывается и сочетание из Вашего предложения и вверху и внизу. Сочетание обособляется как пояснительный член предложения.