"Морфемно-орфографический словарь" А. Н. Тихонова (М.: Школа-Пресс, 1996) выделяет в этом слове корень смирн-. С исторической точки зрения наречия смирно и глагол смирять родственны. 

Все верно, в слове уточка корень уточ- и суффикс -к-. Все дело в том, что в слове уточка появляется беглая гласная, которой нет в слове утка в форме именительного падежа ед. числа, но которую можно увидеть в форме родительного падежа мн. числа: (нет) уток.

Слово корень многозначно, мы это подтверждаем на основании данных словарей, можно это использовать в научной работе.

Для определения морфемного состава слова необходимо выполнить формообразовательный и словообразовательный анализ.

Формообразовательный анализ:

[у] — окончание, показатель формы глагола 1-го лица ед. ч.;

у[j] — формообразующий суффикс, показатель основы настоящего времени (о модификации глагольной основы с помощью формообразующих суффиксов подробнее см. на нашем портале пособие Е. И. Литневской «Русский язык: краткий теоретический курс для школьников»).

Словообразовательный анализ (производится на основе начальных форм слова):

чу[j-а]ть → чу-в-ств-о → чу-в-ств-ова-ть

Глагол чувствовать образован с помощью суффикса -ова- от существительного чувство. Ср.: баловство → бал-ова-ть.

Существительное чувство при синхроническом словообразовательном анализе образовано от глагола чуять с помощью суффикса -ств-. Ср.: руковод-ить → руковод-ств-о.

При образовании слова чувство происходит усечение производящей глагольной основы и появляется асемантический элемент в, назначение которого в современном языке остаётся не до конца ясным. Лингвисты либо предлагают ввести для таких элементов отдельный термин интерфикс (подробнее об интерфиксах см. пособие Е. И. Литневской «Русский язык: краткий теоретический курс для школьников»), либо присоединяют «избыточный» элемент к одной из соседних морфем. Поэтому трактовка подобных асемантических элементов в словарях может быть различной.

Этимологически слово чувство — суффиксальное производное от чувъ ‘способность чувствовать’, которое в свою очередь было образовано от глагола чути ‘чувствовать, слышать, ощущать, познавать’ при помощи исторического суффикса -в-.

Вы написали верно: переходящее Красное знамя.

Указанные запятые не нужны.

В этом сочетании не нарушены никакие нормы русского литературного языка. Подобный оборот можно встретить в текстах Ф. Достоевского, В. Катаева, А. Сахарова и др. Ср.: Мне казалось, что мысль о подорожной и лошадях (хотя бы и с колокольчиком) должна была представляться ему слишком простою и прозаичною; напротив, пилигримство, хотя бы и с зонтиком, гораздо более красивым и мстительно-любовным (Ф. Достоевский. Бесы); Его раздражал их дешевый цинизм, дешевый потому, что зубоскалить было легче легкого, он умел это получше их, однако жизнь, он убедился, гораздо более сложный процесс; сначала ее воспринимаешь по законам арифметики, а потом… (Д. Гранин. Иду на грозу).

Гласные и согласные – звуки. Буквы могут обозначать на письме гласные и согласные звуки речи. Терминологически верно говорить: эта буква обозначает гласный (согласный) звук.

Да, и – слово. Предлоги, союзы, частицы тоже являются словами.

Это неофициальное наименование, но уже вполне закрепившееся. Возможно как написание с прописной буквы (оно  покажет, что перед нами название документа), так и со строчной буквы (оно будет прочитываться как официальное название с предшествующим определением).