Кавычки не нужны.

Лучше: во втором и окончательном чтении.

Два названия должности нужно разделить запятыми (глава конфедерации, народный депутат). Но между названием должности и ученой степенью, действительно, ставить запятую не нужно, такие приложения неоднородны.

Слово крайне — наречие, обозначающее высокую степень проявления признака. Сочетание крайне добры вполне нормативно. См., например: Она... неумный и нелепый, но крайне добрый человек [Л. В. Шапорина. Дневник. Том 1 (1898-1945)]; Александр Владимирович крайне добр ко мне и к моим желаниям [Булат Окуджава. Путешествие дилетантов (Из записок отставного поручика Амирана Амилахвари) (1971-1977)] и т. п. 

Дело в том, что в современном русском языке утрачены живые словообразовательные связи между этими словами. Значение слова наслаждение 'высшая степень удовольствия' сейчас невозможно объяснить через слова с корнем слад- (сладкий, сладость и др.). Поэтому корректно говорить о безусловном историческом родстве этих слов, но не о том, что они однокоренные в современном языке.

Давайте устраним форму сравнительной степени: Город становился пестрым. Но невозможно: *Город становился пестро. Сразу видно, что это форма сравнительной степени прилагательного, а не наречия.

Сочетание как сказала моя подруга, недавно посетившая Японию, указывает на источник информации, а это одно из значений вводных конструкций. Рекомендуется отделить ее, по общему правилу оформления вводных конструкций, запятой: Или, как сказала моя подруга, недавно посетившая Японию, «по сути, это попойка японцев в парке». (Сочетание по сути тоже вводное, оно указывает на степень достоверности сообщаемого.)

Отличие в том, что здесь нет сочетаний с приложением. Здесь первая часть сложных слов видео... присоединяется к пишущемуся через дефис слову конференц-связь. Обычно первая часть сложных слов видео... пишется слитно (видеоролик), но, если вторая часть слова уже содержит дефис, слитное написание заменяется дефисным. Так и возникает написание с двумя дефисами видео-конференц-связь. Т. е. корректирующее правило здесь уже применено.

Приложения иконописец и кандидат педагогических наук характеризуют человека с разных сторон, а потому неоднородны, не требуют постановки запятой. Заметим, однако, что приведенный порядок приложений не является единственно возможным. Например, в предложении Иконописец Сергей Петров, кандидат педагогических наук, объяснил, чем отличается иконопись от живописи (в этом случае важнее то, что объясняет именно иконописец, а его ученая степень представлена как дополнительная информация).