2. Корректно: Утвердить состав межведомственной комиссии по разработке комплексной программы защиты населения... (если межведомственная комиссия... не является официальным названием).
В предложении "Завезли в Австралию симпатичные кактусы-лепёшки — опунцию" ошибки нет. Правила согласования сказуемого с подлежащим описаны, например, в этом пособии:
Кажется, что несклонение имени граф де Ла Фер можно объяснить разве что традицией. Поскольку авторы перевода романа «Три мушкетера» последовательно склоняют аналогичную фамилию де Ла Порт: Не говорил я вам разве, что она крестница господина де Ла Порта, доверенного лица королевы? Так вот, господин де Ла Порт поместил мою жену у ее величества...
Если определения выражены порядковыми числительными, определяемое существительное часто ставится в форме единственного числа: В первом и втором горизонтальном ряду...
Если обособленное определение стоит после счетного оборота, включающего два, три, четыре, оно чаще употребляется в форме именительного падежа множественного числа: Работали четыре лагеря, принявшие 900 детей.
Напомним правило:
Обороты с производными предлогами и предложными сочетаниями обязательно обособляются, если они располагаются между подлежащим и сказуемым: разрыв их непосредственной связи и способствует выделению оборотов.
А теперь, собственно, к проблеме: считать ли слова "с помощью" и "при наличии" производными предлогами? В словарях эти сочетания обозначаются как выступающие "в значении предлога", но не как собственно прелоги. В чем различие? В том, что в русском языке возможны полноценные словосочетания помощь друзей и наличие друзей, в которых слова помощь и наличие - главные компоненты; настоящие производные предлоги таких сочетаний обычно не образуют. Сравните: благодаря, вопреки, ввиду, в целях, в связи с, во избежание, вследствие, по случаю, по причине, при наличии, согласно с, в отличие от, в противоположность, наподобие, при условии, в силу, за отсутствием, несмотря на, невзирая на, спустя, независимо от... (Согласны, в некоторых случаях образовать словосочетание получится, но это уже вопрос, скорее, к формулировке правила.)
Таким образом, на наш взгляд, в приведенных Вами двух последних примерах постановка запятой обязательной не является.
