Вопрос был, является ли сочетание плеоназмом. Да, оно является плеоназмом. Однако из этого не следует, что такое сочетание запрещено употреблять медикам (видимо, в таком понимании ответа причина возможной угрозы). Не каждый плеоназм является ошибкой. Есть плеоназмы, которые закрепились в качестве терминов. Приведенные Вами обороты тому пример.
Это предложение не содержит подчинительных союзов, оно бессоюзное сложное (связующее слово так в § 3162 «Русской грамматики» 1980 г., в разделе о бессоюзных соединениях предложений, названо союзной частицей). Условные отношения в бессоюзном сложном предложении выражаются с помощью тире (хотя и запятая не будет ошибкой).
Тире здесь ставится перед пояснительным членом предложения. Ср. примеры из справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя: Эти птицы… добывают свой корм исключительно в воздухе — питаются летающими насекомыми; То ли он решил, что ошибся — честного человека не распознал, то ли по другой причине…
Речь идет о лексической избыточности (т. е. понятно, что Тула - это город, а май - это месяц, а значит слова месяц и город лишние). В отличие от тавтологии (масло масляное), которая является ошибкой, лексическая избыточность (плеонастичность) возможна в определенных ситуациях (Ваши примеры - из канцелярской, деловой речи).
Существительные с односложной основой на -ий, -ия предпочтительно писать по правилу, зафиксированному в Полном академическом справочнике под ред. В. В. Лопатина, напр.: о Лие, об Ие, в «Вие». Однако окончание и в этих случаях ошибкой считать не стоит. В «Грамматическом словаре русского языка» А. А. Зализняка отмечаются варианты написания.
В словарях это слово не зафиксировано. Несклоняемые имена существительные иноязычного происхождения, обозначающие неодушевленный предмет, в своем большинстве относятся к среднему роду. Однако, на наш взгляд, не будет ошибкой и употребление слова судоку как существительного женского рода в соответствии с родом слова, обозначающего родовое понятие (игра, головоломка).
Отсутствие переносов в тексте не является орфографической ошибкой. Оценка может быть снижена только в том случае, если в вузе существуют какие-то официально утвержденные внутривузовские нормы технического оформления курсовых работ, которых следует придерживаться студентам. Иначе говоря, чтобы признать нарушение каких-то оформительских норм, нужно эти нормы сперва утвердить и опубликовать.
В подобных случаях второе тире после пояснительного оборота поглощается запятой, сравним пример: То ли он решил, что ошибся — честного человека не распознал, то ли по другой причине, но он охотно выполнил просьбу. Следовательно, верно: Мы применили новый метод определения характера орбитального движения — хаотического или регулярного, основанный на...
Одна запятая будет ошибкой. Оборот отмеченное Вами надо или выделять с обеих сторон, или не выделять вовсе. Обычно определительный оборот, стоящий после определительных, указательных и притяжательных местоимений, тесно примыкает к ним и запятыми не выделяется. Но если оборот имеет характер пояснения или уточнения, то он обособляется. Окончательное решение – за автором текста.