Если речь идет о тире после личного местоимения он, то в справочнике по пунктуации Д. Э. Розенталя сказано, что такое тире допустимо при логическом подчеркивании подлежащего, роль которого играет в данном случае это личное местоимение. Мы же заметим, что постановке тире в данном случае способствует указательное местоимение то в функции именной части сказуемого (специфика выражения сказуемого в подобных конструкциях не отражена в справочниках). Представляется, что к цитируемой надписи нет нужды применять понятие авторской пунктуации или авторского знака. 

Поскольку основной принцип русской пунктуации структурный (формально-грамматический, синтаксический), запятая после второй части союза если... то всё-таки нужна: Если каждый выходной ты просто пытаешься плыть по течению, то, когда время уйдёт, останешься у разбитого корыта. На её необходимость в данном случае указывает возможность изъятия или перестановки придаточной части (на этом критерии акцентируется внимание в справочнике Д. Э. Розенталя по пунктуации), сравним: Если каждый выходной ты просто пытаешься плыть по течению, то останешься у разбитого корыта, когда время уйдёт.

Правильно: Сарай превратился в не что иное, как "Дом с мезонином".

Сочетание «не кто иной» пишется через е и раздельно в предложениях с противопоставлением. Обычно после него ставится союз как, при этом сочетание имеет значение «именно». Например: Это был не кто иной, как наш директор (= Это был именно директор). Сочетание же «никто иной» пишется через и и слитно. Оно употребляется в отрицательных предложениях. Например: Никто иной не сможет это сделать.

В первом и втором случаях знаки препинания расставлены корректно. Заметим, однако, что во втором примере предпочтительно двоеточие вместо запятой после уверены. В третьем случае вызывает сомнения логичность постановки запятой перед союзом или: эта запятая указывает на то, что подборка книг на ваш вкус — это то же, что хиты продаж этого магазина. Скорее всего, здесь союз или является разделительным, не требующим постановки запятой: ...взгляните на подборку книг на ваш вкус или на хиты продаж этого магазина.

Правильно: за передачу (чего?) фотоальбомов.

Обратите внимание на лишнюю запятую после КГМА и употребление прописных и строчных букв: с прописной буквы пишется только первое слово в названии организации и входящие в состав названия имена собственные: Кыргызская государственная медицинская академия им. Ахунбаева выражает искреннюю благодарность вам и коллективу Оренбургского государственного медицинского университета за передачу в дар музею истории КГМА фотоальбомов выпускников...

Не вполне понятно также, о каких годах идет речь. Выпускников 1949 и 1950 годов? Выпускников 1940-х — 1950-х годов?

В справочниках это правило приводится. Мы слово в слово процитировали справочник Д. Э. Розенталя «Пунктуация» (раздел «Прямая речь перед авторскими словами»). Другое дело, что такой случай пунктуационного оформления встречается нечасто, поэтому многие справочники об этом правиле даже не вспоминают.

Примеры изысканны :)

Думаем, такое пунктуационное оформление будет корректным.

Глагол и отглагольное существительное совсем не обязательно должны управлять одним и тем же падежом. Правильно: угрожать применением, но угроза применения.