Окончательное решение в данном случае за носителем фамилии, но в подобных ситуациях всегда предпочтительно склонять фамилии так, чтобы их падежные формы отличались от форм соответствующих нарицательных существительных. Предпочтительно: Бобера, Боберу и т. д.

В первом предложении запятая не ставится: оборот с союзом как имеет значение приравнивания и отождествления.

Во втором предложении запятая не ставится: как употребляется в значении "в качестве".

В третьем случае запятые перед как и после командира нужны: приложение с союзом как имеет дополнительное значение причины.

В данном случае корректен только один вариант написания: моя ундина (со строчной буквы и без кавычек). Здесь слово ундина — синоним слова русалка. Постановка/непостановка кавычек зависит от контекста, в котором Вы собираетесь употребить это слово. Например: девушка, которую Печорин зовет "ундиной". Здесь кавычки будут служить маркером чужих слов. 

Все фамилии, кончающиеся на неударное а после согласных, склоняются по первому склонению: Рибера — Риберы, Рибере, Риберу, Риберой, Сенека — Сенеки и т.д.; так же склоняются Кафка, Спиноза, Сметана, Петрарка, Куросава, Глинка, Дейнека, Гулыга, Олеша, Нагнибеда, Окуджава и др. Все такие фамилии, независимо от происхождения, являются морфологически членимыми в русском языке, т. е. в них выделяется окончание -а.

Верно: учится у Джакомо Баллы, выступает с Джакомо Баллой.

Это сочетание не закреплено словарями, но оно подпадает под следующее правило: пишутся раздельно наречные сочетания (два или более), в которых опорное существительное употребляется в разных предложно-падежных формах. Ср.: пошел в занос, вывести из заноса, при заносе сбросьте газ. Поэтому корректно раздельное написание. Кавычки не нужны.

Не так – всё, что после запятой и до тире. Смысл предложения понять (с трудом) можно, но написать надо было грамотно (возможные варианты: из-за лишения обеда вследствие кражи или кражи продуктов и, как следствие, лишения обеда...).

Корректно: От вопроса ефрейтора Бянкина Саня сморщился, словно он проглотил горсть клюквы, и стал доказывать, что он(,) как командир(,) ничего для них не жалел и не пожалеет, и что скоро вместе в бой пойдут, и что сердиться на него совершенно глупо, так как экипаж — одна семья.

Возможность выделения запятыми оборота как командир зависит от более широкого контекста: запятые нужны, если оборот имеет дополнительное обстоятельственное значение 'будучи командиром'.