Если все как один употребляется в значении "все вместе", запятая не требуется.

Но в первом примере нужна запятая: Вся рота, как один, открывает огонь.

Запятая перед союзным словом как нужна, так как в каждом случае оно вводит придаточное изъяснительное предложение: 1) понимание, как строятся новые модели; 2) знания, как создать новую последовательность. 

Слово бот обозначает программу, которая действует автоматически, без участия человека. В русском языке такие слова, как правило, приобретают статус неодушевленного существительного и соответствующим образом склоняются: использовать боты, подключить бот, подписаться на бот. Вместе с тем отдельные группы имен существительных могут изменяться по падежам вариативно; см. примеры и объяснения в статье «Между эмбрионом и покойником: где расположены роботы на шкале одушевленности».

В дополнение отметим своеобразие синтаксической конструкции с глаголом используют. Если в предложении отсутствует подлежащее, то вариант конструкции используют ботов служит на пользу однозначности; ср.: Ботов используют для рассылки спама. Форма винительного падежа ботов ясно указывает на зависимый статус существительного (управляемый глаголом компонент со значением объекта действия). Это важный показатель, поскольку возможно предложение с сочетанием боты используют (и с обратным порядком слов используют боты), в котором существительное боты является подлежащим и обозначает субъект действия: боты могут взаимодействовать друг с другом и используют для этого интернет-сервисы. Наблюдения показывают, что всё чаще используются обороты, в которых слово бот склоняется по типу одушевленного существительного: мы создавали чат-ботов, создали продвинутого бота, разработаем бота.

Слова вода и водолей являются однокоренными, так как слово водолей образовано при помощи соединительной гласной от корня существительного вода и слова лей. Ср.: водолаз, водовоз.

В этих примерах обороты с как запятыми не выделяются: Он относится к ней как к сестре. Она использует ножницы как оружие. Ты как врач не вызываешь доверия.