В данном случае правильным будет вариант: «организация передала в собственность городскому округу город Тобольск».
Если имеется в виду город в Республике Коми, то верно: Микунь, Микуни, Микуни, Микунь, Микунью, о Микуни.
О самом Милане: город Милан, коммуна Милан, провинция Милан. Но речь может также идти о коммунах Милана.
Склоняется последнее слово в в составе порядкового числительного: пятьдесят седьмого образца, сорок четвертых суток и т. д.
Правильно в кавычках и без прописных букв: горох «мангетот». Подробнее см. в "Письмовнике".
Географические названия среднего рода, оканчивающиеся на -е, чаще не склоняются в сочетании со словом город: у города Межгорье.
Правильно: в городе Елизово. Если слова город нет, возможны два варианта: в Елизове (предпочтительно) и в Елизово (допустимо).
