В современном языке наряду с формами существительных в именительном падеже множественного числа на -ы(-и) продуктивно образование форм на -а(-я). Для одних существительных возможны только формы на -ы(и), например мосты, сады, для других слов – на -а(-я), например города, леса.  Есть слова с вариантными формами. Например, говорят инструкторы и инструктора, договоры и договора. Нормативная оценка таких форм не одинакова: формы шофёры, конструкторы, договоры оцениваются как правильные, а шофера, конструктора, договора как профессиональные, разговорные; некоторые формы выходят за пределы литературной нормы, например автора, лектора. Часто такая стилистическая дифференциация связана с тем, что формы на -а(-я) приходят именно из разговорно-профессиональной речи и начинают вытеснять формы на -ы(и), уже существующие в литературном языке. В каких-то случаях новый вариант побеждает. Но для разных слов время появления варианта-конкурента разное, и одни слова довольно быстро отказываются от старого варианта, а другие долго сопротивляются новому. У слова доктор новый вариант уже победил, а у слова договор еще нет.

Обе запятые не требуются: В это время все родившиеся в год Петуха приносят птиц...

Оба сочетания верны, выбор зависит от смысла предложения.

Можно рассматривать этот фрагмент как часть корня.

На наш взгляд, этот вопрос принципиально нерешаем в рамках лингвистической теории в четвертом классе. Можно обратиться к фундаментальной исследовательской литературе, но и там ответ вряд ли будет однозначным. Возможное "детское" объяснение: формы днем и ночью приобрели самостоятельное временнОе значение (отвечают на вопрос когда? - "в определенное время суток"), и по сути стали самостоятельными словами (наречиями).

Верно: На вопрос: «Какие трудности испытывал секретарь комсомольской организации в то время?» – Альбина Ивановна задумалась и дала совершенно неожиданный ответ.

При соответствующей интонации слова еще с самого раннего детства могут выступать в роли присоединительного члена предложения и отделяться запятой.

Присоединительные члены предложения имеют характер сведений добавочных, сообщаемых попутно, в дополнение к содержанию основного высказывания.

Расхождения в орфографических рекомендациях академических словарей чаще встречаются для новых слов, которые проходят этап освоения в языке. Слово могло оказаться зафиксированным толковым словарем раньше, чем орфографическим. Составители толкового словаря при отсутствии орфографической рекомендации фиксируют одно написание, а через какое-то время орфографисты, опираясь на сложный комплекс факторов, в ряду которых может оказаться и изменение практики письма, устанавливают другое написание. Конечно, могут быть и иные причины, например разные научные основания для орфографической кодификации. Более того, в разных изданиях академического орфографического словаря тоже встречаются разные рекомендации. Они отражают изменения нормы в живом языке. 

Знание о подобных расхождениях свидетельствует о профессионализме редакторов, корректоров, учителей, составителей вопросов для ЕГЭ по русскому языку.

Этот вопрос следует адресовать автору предложения. Он что имел в виду?

На всякий случай продублируйте прежние вопросы, пожалуйста.